生物分子网络及复杂网络中模式结构识别问题的研究.doc

论文中英文摘要 作者姓名：张世华 论文题目：生物分子网络及复杂网络中模式结构识别问题的研究 作者简介：张世华，男，1980年5月出生，2003年9月师从于中国科学院数学与系统科学研究院章祥荪研究员，于2008年7月获博士学位。 中 文 摘 要 随着高通量生物实验技术的进步, 可以获得大量的生物`组学(Omics) 数据(如基因组、蛋白组、代谢组等). 而近几年, 复杂网络的研究正成为广泛关注的热点, 网络也成为刻画数据关系的重要的工具. 各种各样的大规模生物分子网络(如蛋白质相互作用网络、基因调控网络、代谢网络等) 也正成为研究生物系统的重要材料. 同时, 为我们系统地分析生物分子网络的拓扑结构、组织形式、演化规律提供了丰富的素材, 也为进一步研究生物的运行机制、稳定性提出了巨大的挑战. 在这些生物分子网络中识别和挖掘各种模块结构, 已成为系统生物学的基本问题. 这一基本问题也引起了生物、应用数学、物理学和计算机科学家的广泛注意. 本文即属于运筹学与应用数学在生物分子网络以及复杂网络中的应用. 这里主要侧重相关网络问题建模与算法的研究. 研究和分析生物分子网络中的特殊模式结构, 有助于我们更好的理解细胞组织以及细胞功能, 进而系统的考察分子的运行机制. 本文主要从三个方面研究了生物分子网络以及一般复杂网络中的局部模式结构问题. 第一个方面的问题是生物分子网络的比对的问题,