原创力文档- 1、本文档共39页，可阅读全部内容。
- 2、原创力文档（book118）网站文档一经付费（服务费），不意味着购买了该文档的版权，仅供个人/单位学习、研究之用，不得用于商业用途，未经授权，严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等，侵权必究。
- 3、本站所有内容均由合作方或网友上传，本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺！文档内容仅供研究参考，付费前请自行鉴别。如您付费，意味着您自己接受本站规则且自行承担风险，本站不退款、不进行额外附加服务；查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档，您可以点击 这里二次下载。
- 4、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等，请点击“版权申诉”（推荐），也可以打举报电话：400-050-0827(电话支持时间：9:00-18:30)。
查看更多
is tO the RNA
randomsix used optimalsecondary
subsequencescompute
structure．
withnestedmatrix a
(I)Dealing gap singly，andusingcomputational
innested 7)
results
skillin andthemiddle algorithm，O(n
Lyngs中algorithm
isreducedtoO(n’)．
time ofnestedmatrix
complexitygap
matrixdealtwith is
one whxandnested
matrix gap singly
(2)Only
gap
as tWO
steadfour matricesinRix O(n4)
introducedin of gap algorithm．SO
is
spacepredigested．
(3)Thetwonew inO(n3)timeisthebestas
algorithm complexity
know RNA structure random
we topredict secondary containingplanar
andatleastone
pseudoknots non—planar
pseudoknot．
Keywords：
RNA
secondarystructure，dynamic
programming，thermodynamics，
NP—complete．algorithm
7
符号说明
下面介绍本文中常用的符号、术语及参数：
1．RNA序列S
S=11，1≤i≤n。通常一个序列左
S=S。SS。．其中S，∈{A，U，C，G}，
7标记。如s=GACACGU表示为57—GAcACGu一3
端用5’标记，右端用3
’。下文S、也用i代替，即i∈{A，L，C，G)。
i．1序列片段S．，
S．，=s。S，为s中从S。到S，的一段序列，1≤j≤j≤n。
1．2基对S．．S。
表示S。与S．构成碱基对。典型基对为AL、CG碱基对和GU错配，即
S．．S．∈{AU，CG，GU}。
2．RNA二级结构s
由一组基对构成的集合。对于任意基对S。S．，S．．S，∈S，如果i=i
’则j=j’．即：一个基不可同时与两个及两个以上的基构成基对。二级
结构的表示如图l，弧线或螺旋线表示其连接的两个基构成基对。
3．K环k-loops
RNA二级结构s可分解为k环S。S一，S。。k0，当且仅当S
文档评论（0）