刺参SNP标记的开发与应用.pdfVIP

刺参SNP标记的开发及应用 摘要 nucleotide 中国重要的海水养殖品种。SNP(Singlepolymorphism)，即单核苷酸 多态性，作为一种理想的分子标记，以二态性、数目多、易于高通量检出等优点 在高密度图谱构建、QTL分析、遗传多样性评估、家系鉴定和分子育种方面得到 了广泛的应用。目前，利用EST数据库是开发SNP标记的重要途径。高分辨率 熔解曲线(High 术，具有简单、精确及闭管操作等优点。本研究利用HRM技术开发刺参EST． SNP标记，并应用于群体遗传多样性分析和生长性状关联的研究，为今后刺参 的高密度遗传图谱构建、种群结构分析、生物多样性保护和分子标记辅助育种等 遗传学研究提供了基础资料。 1．刺参EST—SNP标记的开发 从EST数据库中检索到7,739条序列，经过软件进行聚类拼接后得到】，878 殖群体中对其进行验证和分型。实验结果表明，有51个候选SNP位点表现出多 态性，47个为新开发出的位点：观察杂合度(／40)和期望杂合度(胁)的范围 2．刺参中国养殖群体和日本野生群体遗传多样性比较 选取已开发的EST-SNP标记中的32个位点，以2个日本野生群体作为参 照，运用HRM方法对5个刺参中国养殖群体的群体结构和遗传多样性水平进行 分析和比较。结果显示，养殖群体的观测杂合度和期望杂合度与野生群体的没有 0．9915)也并没有明显的区别。对养殖群体和野生群体的AMOVA分析指出，变 异的来源在“群体内”。说明了经过长时间的养殖过程，刺参群体的遗传多样性并 没有降低，仍然保持着较高的水平。 3．刺参SNP标记与生长性状的关联分析 选取已开发的EST-SNP标记中的46个位点，利用一个刺参全同胞家系进行了 万方数据 EST．SNP基因型与体长、体宽、体重、体壁重和出肉率性状的关联分析。相关性 分析显示，46个SNP位点中有lo-i位点与生长性状呈显著相关(尸0．05)，其中 位点SNPl 重性状中的部分或全部呈显著相关，推断基因型BB可能是这些位点的优势基因 型。研究结果为刺参经济性状分子标记辅助育种提供了参考资料。 关键词：刺参；EST；SNP；HRM；遗传多样性；关联分析 万方数据 SNP inthe and of markerssea Development application cucumber(Apostichopusjaponicus) Abstract Thesea toHolothuroidea， cucumber(Apostichopusjaponicus)belongs in seacucumberhasbeenanimportant Echinodermata，Aspidochirotidataxonomy．The for value．Asa molecular aquaculturespecieshi曲market promising marker，single nucleotide usedin polymorphism(SNP)iswidely geneticmapconstruction,QTL identificationandmolecular analysis：g