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2.高密度的点阵技术 1平方厘米的面积至少可排列上百万个探针合成区（“点”) 3. Affymetrix独特的PM-MM探针设计 图3-11 PM-MM探针设计方案 高灵敏度 图3-12 仅用PM探针与联合应用PM-MM 探针检测靶序列的灵敏度比较 芯片结果准确可靠 图3-13 PM-MM的多个探针的结果与单个探针的结果比较 4. 光导原位合成法的缺点 需要避光掩膜，造价高； 光脱保护方式，造成光衍射，制约探针密度的提高 对研究者而言，每次实验只是使用芯片探针的一部分，探针浪费严重 羟基 硫醇基 * 这张图是Affy完整的操作平台，包括…… 整个系统是一个完整的封闭的体系，Affy芯片只能在这套系统中进行检测，这一套仪器系统也只能操作Affy芯片。Affy公司在全球使用统一的平台，芯片以及软件，有利于全球的研究者进行数据的比较以及研究结果的共享。Affy的核心就是基因芯片，下面看一下： 个人实验室和公司一般制备的是cDNA芯片，是提取正常和异常的RNA，反转录成cDNA，然后标记Cy3和Cy5，，然后杂交到相同芯片上，根据荧光强度判断表达的高低。Affy是原位合成的寡核苷酸芯片 * 下面一一看一下这些特点，首先看一下核心的专利技术：光蚀刻原位合成技术 * 这张图是合成原理图： 首先使固相片基羟基化，并用光敏保护基团将其保护起来，然后选取适当的避光膜（mask）使需要聚合的部位透