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单细胞基因测序市场分析
什么叫单细胞基因测序(Single Cell Sequencing)?
一句话说,就是单个细胞水平上对基因组进行测序。
2013年,Nature杂志把年度技术授予了单细胞基因测序(Single Cell Sequencing),认为该技术将改变生物界和医学界的许多领域。
单细胞基因组、转录组分析
单细胞测序通过对单个细胞进行基因组扩增和测序
解决了用组织样本无法获得不同单个细胞的异质性信息、样本量太少无法进行常规测序的难题
研究解析单个细胞的行为、机制、与机体的关系等提供了新方向
为早期检测、诊断疾病及疾病的个体化治疗提供指导。
基因组及转录组分析中常遇到的难题:
全基因组和全转录组分析的难题:
Title, Location, Date
6
单细胞测序应用领域
单细胞全基因组测序:
1、体外受精的胚胎测序:在把胚胎植回母体之前,先取一个细胞进行测序,确认基因正常后再植回,以保障胚胎是正常的。
2、CTC细胞测序:通过对血液中的肿瘤细胞测序,找到突变位点,针对性能进行靶向药物治疗。
3、肿瘤亚细胞群测序:肿瘤发生、发展中,细胞不断发生新的突变,形成许多亚细胞群,单细胞测序可以对这些亚细胞群进行分别的测序,并找到对应的治疗方案。
4、免疫测序:免疫细胞在对抗原发生识别后,免疫细胞的基因组发生重排,并产生对抗原特异的抗体。对免疫细胞的测序,可以找出特异的基因结构。
Title, Location, Date
7
单细胞测序应用领域
单细胞转录组测序:
1、在全基因组范围内挖掘基因调节网络,尤其适用于存在高度异质性的肿瘤细胞、干细胞及胚胎发育早期的细胞群体。
2、发现亚细胞成分的基因表达谱,例如对在神经元的轴突或树突部分特异表达的基因的转录组分析。
一、单细胞测序行业
BCC Research的一项分析报告指出,2014年全球单细胞分析(Single-cell Analysis)的市场达5.4亿美金,预测将从2015年的6.3亿美金增长到2020年的16亿美金,复合增长率达21%。根据GENReports的报告,关于单细胞分析的文章发表在过去的几年也有着爆发性的增长。
图2:单细胞分析的文章发表数量
9
二、单细胞基因测序的基本流程:单细胞分离--基因组扩增--测序和分析
单细胞测序,主要经过如下的步骤:
单细胞的分离
DNA/RNA的提取和扩增(全基因组扩增和全转录组扩增)
测序以及后续的分析和应用
2.1 单细胞的捕捉和分离
单细胞测序的第一步是单细胞的分离和提取,目前的方法主要有:
流式细胞术
激光捕获显微切割技术
微流控技术
Daniel A. Haber, et al CANCER DISCOVERY JUNE 2014
Title, Location, Date
11
单细胞操作的仪器
Fluidigm C1单细胞操作
毛细管显微操作单细胞
10X Genomics
Illumina与Bio-Rad发布Singel-Cell Sequencing Solution
QIAscout
武汉友芝友-CTC捕获仪
强生-Cell Reserch
Title, Location, Date
12
C1 单细胞自动制备系统
1个小时内即可分离96个单细胞
Biomarker HD系统
30分钟内可进行9216个qPCR反应
PBMC单细胞转录组测序结果示例
10X Genomics
Title, Location, Date
13
Illumina® Bio-Rad®
Single-Cell Sequencing Solution
QIAscout
武汉友芝友-CTC捕获仪
CellSearch
2.2 全基因组扩增 (Whole Genome Amplification. WGA)/ 全转录组扩增 (Whole Transcriptome Amplification,WTA)
单细胞测序的难点在于扩增。
全基因组扩增主要的方法:
简并寡核苷酸引物PCR扩增(DOP-PCR)
多重置换扩增(MDA)——目前最好的方法
和基于多次退火和成环的扩增循环(MALBAC)——亿康基因
常见WGA方法比较
转录组扩增主要的方法:
Clontech公司的Smart方法,一种优秀的单细胞全长RNA-seq:起始RNA只有约10pg
EpiCentre公司的TargerAmp方法
TargetAmp法测单细胞全RNA
SMART法测单细胞的全长全RNA
Title, Location, Date
18
单细胞测序国内相关公司(科研)
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