BioEdit及Clone 8的使用介绍.ppt

BioEdit及Clone Manager 8.0的使用介绍 BioEdit简介 BioEdit是一个性能优良的免费的生物序列编辑器，可在Windows中运行，它的基本功能是提供蛋白质、核酸序列的编辑、排列、处理和分析。此外，它还提供诸如RNA比较分析、比对分析、进化分析、质粒作图等功能。 功能 描述 序列输入 多种序列输入方式 序列分类 按标题、位置、定义、参数、注释等分类 序列比对 两序列或多序列比对分析 核酸分析 组成、互补、反转、翻译、限制性内切酶分析等 翻译或反翻译 把DNA或RNA翻译成蛋白质 蛋白质分析 氨基酸成分、疏水性轮廓、疏水力炬平均数等 RNA比较分析 共变、潜在配对、交互信息分析 …… ...... 主要内容： 1. 序列比对 2. 寻找ORFs 3. DNA序列属性分析 4. 核酸序列翻译成蛋白质序列并对蛋白质性质分析 5. 质粒作图 1. 序列比对 导入原始序列和测序序列：File—New Alignment—File—Import—Sequence alignment file 序列比对：点击选中序列—Accessory Application—ClustalW Multiple alignment—Run ClustalW 待比对序列和原始序列相同的碱基用点表示，然后查看待比对序列有没有突变，是不是和原始序列完全相同，如果相同再看看有没有相应的酶切位点：选中测序序列—Sequence—Nucleic Acid—restriction map—select from list—选中XhoI和NcoI—OK—generate map 用反向互补序列比对：点击选中要反向的序列—Sequence—Nucleic Acid—reverse complement—序列比对 2. 寻找ORFs ORF与CDS的比较： ORF(Open reading frame)：开放读码框是从一个起始密码子开始到一个终止密码子结束的一段序列，ORF只是理论上的编码区，与真实的情景可能并不一样，不是所有读码框都能表达出蛋白产物。 CDS(Coding sequence)：编码区是编码一段蛋白产物的。 一段序列中只有一个CDS，但可能有几个ORF。 CDS一定是ORF，但ORF不一定是CDS。 2. 寻找ORFs 点击选中序列—Sequence—Nucleic Acid—Find next ORF 3. DNA序列属性分析 点击选中序列—Sequence—Nucleic Acid—Nucleotide Composition，可以知道DNA序列的长度、单链分子质量、双链分子质量、G+C含量、A+T含量及单个碱基的数量和所占摩尔比，并以图形可视化表示出来 4. 蛋白质性质分析 如果序列是氨基酸序列，点击选中氨基酸序列—Sequence—Protein—Amino Acid Composition 如果序列是DNA序列，首先选中DNA序列—Sequence—Translate or Reverse-Translate，将DNA翻译成单个字母的氨基酸序列，然后点击Sequence—Protein—Amino Acid Composition，可以知道蛋白质的长度、分子量及氨基酸组成、数量和摩尔比，并以图形可视化表示出来 5. 质粒作图 使用BioEdit质粒绘图功能，序列可以通过自动的位置标记，自动修改成环形质粒。质粒功能提供简单的绘制和标记工具。 从一个DNA序列产生一个质粒：Sequence—Nucleic Acid—Create Plasmid from Sequence，选择这个选项时，限制性内切酶图谱将会使用通常商业化的，储存在存储器中的限制性内切酶。质粒第一次产生时，它显示成有10个位点标记的圆圈，中央是标题。 添加限制性酶切位点：点击Vector—Restriction Site，在选择性对话框中选择要添加的内切酶，将自动添加到对应的位点，并且位置和酶名称自动标注，可以通过鼠标移动和缩放，也可以通过双击进行编辑 添加特征：点击Vector—Add Feature，输入要添加特征的名称、起始位置，并设置填充颜色和类型等 编辑质粒图谱：点击Vector—Properties，可以更改质粒的类型、长度、尺寸及特征的参数等 工具菜单的使用：添加文本、图形、箭头，改变线型颜色和填充颜色 以pRP1028载体为例： Clone Manager简介 Clone Manager 是一款简易的辅助克隆工具，主要功能是限制酶切割、分子重组、质粒作图、设计引物、比对序列等。 操作实例：将gp基因连接到pET28b载体上，构建pET28b-gp蛋白表达载体 模拟载体构建流程 输入序列：File—Open，将gp序列和pET28b载体序列导入