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\\. PAGE PAGE 13 \\. VASP 学习教程 太原理工大学 量子化学课题组 2012/5/25 太原 目 录 TOC \o 1-3 \h \z \u 第一章 Linux命令 1 1.1 常用命令 1 1.1.1 浏览目录 1 1.1.2 浏览文件 1 1.1.3 目录操作 1 1.1.4 文件操作 1 1.1.5 系统信息 1 第二章 SSH软件使用 2 2.1 软件界面 2 2.2 SSH transfer的应用 3 2.2.1 文件传输 3 2.2.2 简单应用 3 第三章 VASP的四个输入文件 3 3.1 INCAR 3 3.2 KPOINTS 4 3.3 POSCAR 4 3.4 POTCAR 5 第四章 实例 5 4.1 模型的构建 5 4.2 VASP计算 8 4.2.1 参数测试 8 4.2.2 晶胞优化(Cu) 13 4.2.3 Cu(100)表面的能量 2 4.2.4 吸附分子CO、H、CHO的结构优化 2 4.2.5 CO吸附于Cu100表面H位 4 4.2.6 H吸附于Cu100表面H位 5 4.2.7 CHO吸附于Cu100表面B位 6 4.2.8 CO和H共吸附于Cu100表面 7 4.2.9 过渡态计算 8 PAGE 9 第一章 Linux命令 1.1 常用命令 1.1.1 浏览目录 cd: 进入某个目录。如：cd /home/songluzhi/vasp/CH4 cd .. 上一层目录；cd / 跟根目录； ls: 显示目录下的文件。 注：输入目录名时，可只输入前3个字母，按Tab键补全。 1.1.2 浏览文件 cat：显示文件内容。如：cat INCAR 如果文件较大，可用：cat INCAR | more (可以按上下键查看) 合并文件：cat A B C (A和B的内容合并，A在前，B在后) 1.1.3 目录操作 mkdir：建立目录；rmdir：删除目录。 如：mkdir T-CH3-Rh111 1.1.4 文件操作 rm：删除文件；vi：编辑文件；cp：拷贝文件 mv：移动文件；pwd：显示当前路径。 如： rm INCAR rm a* (删除以a开头的所有文件) rm -rf abc (强制删除文件abc) tar：解压缩文件。压缩文件？？rar 1.1.5 系统信息 df：分区占用大小。如：df -h du：各级目录的大小。 top：运行的任务。 ps ax：查看详细任务。 kill：杀死任务。如：kill 12058 （杀死PID为12058的任务） 注：PID为top命令的第一列数字。 第二章 SSH软件使用 2.1 软件界面 SSH界面 SSH transfer 2.2 SSH transfer的应用 2.2.1 文件传输 从本地文件中，把所需的计算文件直接拖到服务器中。一般就是VASP计算的四个文件INCAR，KPOINTS，POSCAR，POTCAR。 2.2.2 简单应用 在右侧文件夹中可以直接构建文件夹，删除文件，修改文件。 从SSH要cd到某个文件夹下时，可先从SSH transfer进入，直接复制路径栏，可快速进入。 第三章 VASP的四个输入文件 3.1 INCAR SYSTEM = name ENCUT = 400 PREC = Medium EDIFF = 5E-4 EDIFFG = -0.1 GGA = 91 VOSKWN = 1 ! 磁性计算 ISYM = 0 ! 对称 0 无 1 有 LREAL = .FALSE. ! 倒空间 ISPIN = 2 ! 2 磁性计算 1 不进行 ISTART = 0 ! 0初次计算， 1再次计算 ICHARG = 2 ! 2构造原子密度 ISMEAR = 2 ! -5 半导体；DOS 静态计算 0；原胞较大，k点小于4，单个原子，小分子；1 2金属体系。 SIGMA = 0.1 IBRION = 2 ! 1 DIIS, 2 CG, 5 频率，3 过渡态 ISIF = 2 ! 2 结构优化， 3 晶胞优化 NSW = 200 ! 离子运动步数 POTIM = 0.05