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 常用分子标记原理与应用 知识框架 生化标记 分子标记 细胞学标记 形态学标记 遗传标记 RFLP RAPD AFLP SSR ISSR SNP 常见分子标记 什么是遗传标记（Genetic Marker）? 遗传标记指可追踪染色体、染色体某一节段、某个基因座在家系中传递的任何一种遗传特性。它具有两个基本特征，即可遗传性和可识别性，因此生物的任何有差异表型的基因突变型均可作为遗传标记。 遗传标记的类型主要有四大类： 1.形态标记 ( morphological marker ) 2.细胞学标记( cytological marker ) 3.生化标记 ( biochemical marker ) 4.分子标记 ( molecular marker ) 主要包括肉眼可见的外部形态特征，如：矮秆、紫鞘、卷叶等；也包括色素、生理特性、生殖特性、抗病虫性等有关的一些特性。 优点: 形态学标记简单直观、经济方便。 缺点: (1)数量在多数植物中是很有限的; (2) 多态性较差，表现易受环境影响; (3)有一些标记与不良性状连锁; (4)形态标记的获得需要通过诱变、分离纯合的过程，周期较长。 形态学标记 形态标记（Morphological marker） 形态学上如何区分 植物细胞染色体的变异：包括染色体核型（染色体数目、结构、随体有无、着丝粒位置等）和带型（C带、N带、G带等）的变化。 优点: 能进行一些重要基因的染色体或染色体区域定位。 缺点: (1)材料需要花费较大的人力和较长时间来培育，难度很大。 (2) 有些变异难以用细胞学方法进行检测。 细胞学标记 人类22对常染色体 细胞分裂中期（Metaphase） 染色体组karyotype(Chromosome phenotype) analysis 细胞学标记 概念：主要包括贮藏蛋白、同工酶等标记，也指以基因表达的蛋白质产物为主的一类遗传标记系统。 种类：可分为酶蛋白质和非酶蛋白质两类。在非酶蛋白质中用得最多的是种子贮藏蛋白（清蛋白、球蛋白、醇溶蛋白和谷蛋白）。 同工酶（isoenzyes)：催化功能相同，但结构和生理性质不同的一类酶。 生化标记的优点：数量更丰富，受环境影响更小。 生化标记的缺点：蛋白质受生物体发育的时空影响很大。 生化标记（Biochemical Marker） 主要内容： 一、分子标记的相关概念及分类 二、几种常见分子标记的原理及方法 三、分子标记技术的应用 分子标记技术 分子标记来源于DNA水平的突变 突变(Mutation)：是指DNA水平的可遗传的变异，不管这种DNA变异能不能导致可检测的表型或生化改变。突变产生的变异是自然选择的基础。可遗传的突变在群体中扩散从而产生多态性。 多态性(Polymorphism)：－群体内同一DNA序列的两种或多种变异形式，统计表明：群体内任何两个生物个体平均每1000～10000个碱基对有一对有差别，这种差别就是多态性。 1.广义的分子标记(molecular marker)是指可遗传的并可检测的DNA序列或蛋白质。 eg:蛋白质标记如种子贮藏蛋白同工酶（指由一个以上基因位点编码的酶的不同分子形式） 2.狭义的分子标记（DNA marker)概念只是指DNA标记 能反映生物个体或种群间基因组中某种差异特征的DNA片段，它直接反映基因组DNA间的差异。 一. 分子标记相关概念 分子标记的概念：是以直接检测DNA核苷酸序列的差异为基础的遗传标记，又叫DNA分子标记。 分子标记（DNA marker） 分子标记的特点： (相对形态，细胞，生化标记具有的优点) （1）直接以DNA的形式表现，在生物体的各个组织、各个发育阶段均可检测到，不受季节、环境限制，不存在表达与否等问题； （2）数量极多，遍布整个基因组，可检测座位几乎无限； （3）多态性高，自然界存在许多等位变异，无须人为创造； （4）表现为中性，不影响目标性状的表达； （5）许多标记表现为共显性的特点，能区别纯合体和杂合体。 在遗传学研究中广泛应用的DNA分子标记已经发展了很多种，一般依其所用的分子生物学技术大致可以分为三大类： 第一类：是以分子杂交为核心的分子标记，包括RFLP、DNA指纹技术等，这类分子标记被称为第一代分子标记； 第二类：是以PCR为核心的分子标记，包括随机扩增多态性RAPD、简单序列重复SSR、扩增片段长度多态性