PCR array 数据分析软件操作指南.pdf

Qpcr array数据分析软件 操作指南 启因生物 1 概述 简介：RT-PCR数据分析软件是启因生物自主开发的一套数据分析软件，基于高通量荧光定 量PCR技术，输入界面简单方便，模块功能使用强大，数据分析流程化，操作流程简便易 懂，并增加了散点图，折线图，对比图，热点图等更多形象直观的结果分析图，这样不仅改 变了传统的以表格和柱形图呈现的表达量数据，而且化繁为简，便于深入挖掘qPCR数据意 义。 特点：操作界面简易； 操作流程简便； 数据分析功能强大； 数据分析结果多样； 方便管理和日常维护； 分析流程：上传实验文件和数据文件； 数据质控； 数据筛选； 数据归一化处理； 差异表达； 聚类分析； 2 1系统主界面 qPCR数据分析主界面分为三栏，包括功能操作界面，图像展示界面，数据显示界面； 其中功能操作界面包括实验列表，孔板列表，数据分析三个模块；图像展示界面可展示 实验、样品和诊断明细， 孔板以及实验结果分析图；数据显示界面包括选择基因和基因 383 列表两个模块； 2.2模块介绍  数据分析 分为 “Review-检查”，“Qualify-质控”，“Normalisation-标准品”和 “Analysis-分析”四个 部分。 检查部分：检测基因的 值分布，检测样品的 值分布，跨样品检测基因分析； Ct Ct 质控部分：样品的相关性分析，两个样品的 相关性分析； Ct 标准品部分：设置内参照，内参稳定性分析，标准品实验重复，标准品样本重复； 分析部分：表达差异分析，两因子分析，标准品聚类分析； 3 3.2 创建数据文件 与创建实验文件类似，首先 格式的数据文件先转为 文件，之后上传，可以选择 Excel csv 或 孔板子类型；数据文件内容包括：孔板位置，样品名称，基因名称， 值等；若 38 96 Ct 有多个数据文件，可分批上传，统一分析； 3.3 数据分析 3.3.1Review  Ctvaluesdistributionbydetectors 检查部分， （检测基因的 值分布），图为同一基因 Ctvaluesdistributionbydetectors Ct （ ）在不同样品中的 值分布情况，点击红点可看出此基因在某样品中的 值。 miR-325 Ct Ct  Ctvaluesdistributionbysamples 检测样品的Ct值分布，图为同一样品的不同孔中基因的Ct值概率分布图，比如最高表 示42个孔的Ct值为32左右；  Detectorprofilingacrosssamples 跨样品检测基因分析，涉及到多个样品和多个基因，图为两个基因在多个样品中的分布 情况，每条折线的折点代表一个样品中的一个基因，点击折点将出现相关信息；