称高分值片段对.pptVIP

数据库搜索相似序列 数据库使用 关键字查询、目标搜索 最流行的序列数据库快速搜索程序 BLAST  FastA 数据库搜索相似序列的意义 判断是否为新序列 功能预测与同源判定 基因的电子克隆 模式识别 BLAST算法 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)基本的局部比对搜索工具[Altschul, 1990, 1997]。 无空位的BLAST比对 序列片段对 高记分片段对(HSP) 统计显著性 允许空位的BLAST比对 最高得分片段对(MSP) BLAST算法本身很简单，它的基本要点是序列片段对（segment pair）的概念。所谓序列片段对是指两个给定序列中的一对子序列，它们的长度相等，且可以形成无空位的完全匹配。 BLAST算法首先找出代查序列和目标序列间所有匹配程度超过一定阈值的序列片段对，然后对具有一定长度的片段对根据给定的相似性阈值延伸，得到一定长度的相似性片段，称高分值片段对（high-scoring pairs, HSPs）。这就是无空位的BLAST比对算法的基础，也是BLAST输出结果的特征。 最初的BLAST程序只能用于无空位的比对。经验表明比对结果通常会出现一些无空位但不连续的区域，不难想象，有些高分值片段对可以通过一些相似性较低且有空