真核生物遗传规律分析.pptVIP

第八章 真核生物的遗传分析 本章要掌握的主要内容 第一节 真核生物基因组及其复杂性 真核生物基因组的特点 重复序列的分类 DNA序列分析方法与结构基因组学 第二节 基因家族 基因家族的类型，基因家族的特点 第三节 遗传标记 第一节 真核生物基因组及其复杂性 一、真核生物基因组的特点 真核生物基因组（Eukaryotic Genome, EG）与原核生物基因组（Prokaryotic Genome, PG）相比有很大差异： （1）EG位于细胞核中，由数条具有多级空间结构的染色体组成； （2）具有多个复制起点，基因内有内含子； （3）存在着大量的非编码DNA序列； （4）编码蛋白质的基因多位于单拷贝序列中，同时还有大量的重复序列； （5）具有基因家族和基因簇； （6）具有生命所必须的细胞器基因组 二、基因组序列的分类 （一）单一序列（Unique sequence） 又称非重复序列（nonrepetitive sequence），在基因组中只有一个或几个拷贝的DNA序列，大多数结构基因都属于这一类。 （二）重复序列 1、串联重复DNA序列 只存在于真核基因组，由2~200bp的重复单位组成 可变数目串联重复序列 Variable number of tandem repeat,VNTR 卫星DNA中，有一类重复单位在11~60bp，总长度为几百到几千bp的重复序列，多位于近端粒处 根据重复单位的大小又可分为：卫星DNA、小卫星DNA和微卫星DNA三类，这类DNA多不具备转录能力 （二）重复序列 1、串联重复DNA序列 卫星DNA（Satellite DNA） 在进行密度梯度离心时，某些高度重复DNA序列由于碱基组成和浮力密度与主体DNA有区别，会形成一系列的卫星带 主带：多由单拷贝序列组成，GC含量接近于基因组均值 卫星DNA 卫星DNA 一般位于异染色质区，通常位于着丝粒 在染色体中可能有某种结构功能 长度为100kb~数Mb 小卫星DNA 核心重复序列由10~25bp组成 总长度为0.1~30kb 多位于靠近染色体末端的区域，也称端粒小卫星， 微卫星DNA 由1~6个核苷酸为核心序列 分散于整个基因组 总长度150bp （二）重复序列 2、散布的重复DNA序列 在高度分散的重复DNA家族中含有少量转座元件，根据大小不同，可分为 短散布核元件（short interspersed nuclear element, SINE） 长散布核元件（ long interspersed nuclear element, LINE ） 三、 DNA序列分析方法 DNA 测序技术早在DNA 双螺旋结构(Watson and Crick, 1953) 发现后不久就有报导(Whitfeld,1954)， 当时的测序的方法为降解法(sequencing by degradation, SbD)， 但由于操作复杂，并没有形成规模化的应用。 1965，Cornall大学以S．W．Holle为首的科学家小组，首次完成75个核苷酸的酵母丙氨酸tRNA的全序列测定。 即利用各种RNA酶把tRNA降解成寡核苷酸，经分离纯化后，再分别测定短片段顺序。 1968年华裔生物化学、生物学家吴瑞博士（Dr．Ray Wu） 独创性地设计出一种崭新的引物一延伸测序策略，并于1971年首次成功地测定了λ噬菌体两个COS末端的完整序列； 1977，F. Sanger在该策略的基础上，发展出了快速测定DNA序列的末端中止法； K. Mullis采纳他的方法，完善了PCR扩增DNA的方法； M．Smith发明了碱基定点突变技术。这三位科学家全都获得了诺贝尔奖。 Sanger 等(1977)：末端终止法，该技术引入了聚合酶和测序胶，使DNA 测序走向了大规模实用化。 经过Melamede, 1985; Cheesman, 1991;Metzker et al., 1994等改良后成为迄今为止应用最为广泛的测序技术。 随着技术的改进和创新(Ju et al., 2000;Church, 2002; Barnes et al., 2002; Mitra et al., 2003)，聚合酶测序法又有了新的发展。 另外，还有许多其他的测序策略： 如连接酶测序法(sequencing by ligation, SbL) (Whiteley et al., 1984; Landegren and Hood, 1988;Drmanac, 1992)、 焦磷酸测序法(pyrosequencing) (Hyman,1988) 杂交测序法(sequencingbyhybridization, SbH) (Drmanac et al., 1989; 1998; 2001) 1、Sanger测