基于转录组序列的长柄双花木SSR标记开发.PDFVIP

植物遗传资源学报 2018，19 Journal of Plant Genetic Resources DOI:10.13430/ki.jpgr.20180110002 基于转录组序列的长柄双花木SSR 标记开发 1 2 1 孟艺宏 ，徐 璕 ，徐刚标 1 2 （中南林业科技大学林木遗传育种实验室，长沙 410004； 四川大学生命科学学院，成都 610064） (Disanthus) Hamamelidaceae D.cercidifolius 摘要：双花木属 是金缕梅科（ ）最原始的单种属，为东亚地区特有属。长柄双花木（ var.longipes D.cercidifolius ）是日本特有植物双花木 （ ）的变种，仅分布于我国南方地区，为国家Ⅱ级保护植物，被列入我国 SSR 濒危植物种名录，在研究金缕梅科系统发育和东亚植物区系地理演化等方面具有重要的科学价值。由于可利用的 标记引 物数量不足，阻碍了长柄双花木遗传学研究。本研究对长柄双花木转录组序列进行高通量测序，采用denovo组装方法，共获 32325 unigene MISA 13779 SSR SSR 42.63% 1/2.95kb 得 条 。利用 软件，搜索到 个 位点， 位点发生频率为 ，位点分布频率为 。不同 重复基序类型中，二核苷酸重复基序数量最多，占总数44.10%；单核苷酸重复基序次之，占总数37.90%；三核苷酸重复基序， 占总数16.71%。二核苷酸重复基序中，AG/CT重复基序数量最多；三核苷酸重复基序中，AAG/CTT重复基序数目最多，其次 ATC/ATG ACC/GGT AGC/CTG 1 8 60 SSR 是 、 和 。从不同种群中任取 株构成 株无亲缘关系的随机样本，对随机合成的 对 引物的有 46 76.67% TP-M13-SSR 效性进行琼脂糖电泳检测的结果表明， 对引物扩增出目的条带，扩增率达 。进一步利用 技术基因分型 30 65.22% SSR 结果显示， 对引物扩增产物显示出多态性，多态位点百分比为 。这表明，基于转录组序列开发的长柄双花木 位