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PhyML系统发育树构建 2012-11-28 PhyML简介 PhyML是采用最大似然法估计核苷酸或氨基酸序列系统发生分析的软件。 PhyML 3.0: new algorithms, methods and utilities http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/ PhyML可以在线使用了 PhyML分析序列步骤 一、输入的序列格式要求 二、PhyML中各项参数的设置及程序的运行 三、结果解释 一、输入的序列格式要求 要求为phylip格式，扩展名为“.phy”。序列可通过软件ClusterX或网页直接生成。将fasta格式的文件直接拷贝到网页上，即能形成。网址为：http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/readseq.cgi， 有两种序列展示方式，一种为交互式的，即interleaved，另一种为顺序式的，即sequential。如下图。一定要注意。因为后面的PhyML设置中，需要这一项参数设置。 二、PhyML中各项参数的设置及程序的运行 有四大步，进行参数的设置。如下。其中Input Data的格式要求见上一页。 下面几步以张延明做的为参考，自己做时，先用jModelTest算出最佳替代模型，如GTR+I。 其它的参数设置见下，并做相应的调整。 只是其中的alpha不知道是怎么得来的。jModelTest中，相应的GTR+I中没有alpha值。 对于其中的各参数的设置意义，见说明书。 数据输入 进入Menu ：Input Data界面 此选项为序列信息：包括DNA或蛋白序列以有序列为交互或连续（？）。不用设置，输入+进入下一个menu 进入Menu ：Substitution model界面 这一步设置进化模型。 phyML3.0可直接提供数种模型，每一个模型均代表一种碱基替代类型。除GTR外，其它模型均可设置其中的具体参数。同时还可以自已订置替代模型。其中自己订置替代模型一般为通过modeltest3.7获得的最佳模型。 Ts/tv ratio（fixed/estimated）只在K80, HKY85 or TN93 models中选择才有意义。Proportion of invariable sites (fixed/estimated)默认为0. The gamma shape parameter can be fixed by the user or estimated via maximum-likelihood. 根据modeltest3.7软件选择出的最佳模型，需要自己定制进化模型，键入M多次将选项改为custom Custom详细设置说明 这个选项为是否优化各碱基的比率，可以选是也可选否，影响不大 这个选项为自己设置或让程序自己估计碱基的比率，一般可以自己根据modeltest3.7获得的最佳模型修改。以下为自己设置的方法及结果，先键入E，然后根据AIC标准选择模型提供的碱基比例依次键入。 四个碱基比例键入后，E选项变为user defined 键入K，设置进化模型，为自己定制的模型起名字 根据modeltest结果依次键入碱基替代模型 自定义碱基替代模型成功 这一步设置可变位点的比例。 这一步设置碱基替代的类别数，默认为4，最佳一般为6 *这一步为设置是否优化替代参数，自己订置一定要选为no,否则最终替代参数会与设置的有差异。 根据modeltest3.7获得的最佳模型中的数据修改 Substitution model 最终设置好示意图 进入Menu：Tree Searching界面 是否优化树的结构，选Yes 起始树的类型，有三种，选默认 最优树的寻找方法的设置，有三种：NNI（最省时），SPR（最费时，但最能反应种的关系），BEST（上面两者的平衡），这个设置我们选SPR S选项设置为SPR后出现R选项，更改为Yes 进入Menu：Branch Support界面 对构建的系统发育树进行统计分析，也相当重要。 A：表示用本软件自已的3个方法对结果进行统计分析（速度较快，但应用不广）（不推荐用） B：bootstrap分析，应用最广，相当费时，但可以接受，一般设置为100次。 Menu：Branch Support选项设置完成 设置好后，输入Y，开始构建系统发育树。 系统发育树构建完成后文件夹内会多出以下文件。用TreeView软件打开trees文件查看系统发育树 我自己的运行结果文件如右图，说明见下： Treeview软件中打开生成的树，如下： Treeview软件下载：http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html