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高通量测序技术在动植物研究领域中的应用 中国科学: 生命科学 2012 年 第 42 卷 第 2 期: 107 ~ 124《 中国 科学 》 杂志社 SCIENCE CHINA PRESS SCIENTIA SINICA Vitae //0. //.评述 高通量测序技术在动植物研究领域中的应用* 岳桂东 , 高强 , 罗龙海, 王军一, 许姣卉, 尹烨 深圳华大基因研究院, 深圳 518083 同等贡献 * 联系人, E-mail: yinye@genomics 收稿日期: 2011-09-09; 接受日期: 2012-01-16 doi: 10.1360/052011-634 关键词 摘要 高通量测序是核酸测序研究的一次革命性技术创新, 该技 术以 极低 的单 碱基 测序 成 新一代测序 本和超高的数据产出量为特征, 为基因组学和后基因组学研究带来了新的科研方法和解决方 基因组重测序案. 在动植 物 研究领域, 高 通量测序 引 领了一次 具 有里程碑 意 义 的科学 研 究 模式革 新, 科研 转录组测序 人员可利用该技术在基因组、转录组和表观基因组等领域展开多层次多方面多水平研 究. 本 表观基因组学 文就高通量测序技术应用于动植物基因组学和功能基因组学研究进展进行了系统阐述, 并对 当前高通 量测 序技术的 现状 和热点及 未来 的发展趋 势作 了深入剖 析和 讨论 第二代测序技术, 又称新一代测序技术next- 错误率, 而且由于其双碱基编码和校正系统的原理 generation sequencing, 相应于以 Sanger 测序法为代 与重测序相似, 所以 SOLiD 特别适用于具有高质量 表的第一代测序技术而得名. 第二代测序中 3种主流 参考基因组序列物种的重测序 测序技术分别为依次出现的 Roche/454 焦磷酸测序 高通量测序技术的出现, 使得获得核酸序列数 2005 年、Illumina/Solexa 聚合酶合成测序2006 年 据的单碱基测序费用相对于 Sanger 测序急剧下降, 和 ABI/SOLiD 连接酶测序2007 年技术. 与 Sanger 随之也给基因组学研究带来了更多的新方法和新方 测序相比, 3 种新一代测序技术共有的突出特征是, 案. 目前, 高通量测序技术已广泛应用于动植物全基 单次运行run产出序列数据量大, 故而又被通称为 因组测序、基因组重测序、转录组测序、小 RNAs [1] 高通量测序技术 测序和表观基因组测序等方面. 本文分别对高通量 高通量测序技术一般由模板准备、测序和成像、 测序技术在多研究水平的具体应用和昀新发表的文 序列组装和比对等部分组成. 3 种二代测序技术的原 献进行了综述 理各不相同, 其数据量产出、数据质量和单 Run 运行 [2] 成本也不一样Roche/454 测序序列读长reads在 3 1 全基因组 de novo 测序 种测序技术中昀长 600~1000 bp, 但其通量昀低 通过对物种基因组序列进行系统的研究, 可以 0.5~1 Gb/run; Illumina/Solexa 测序通量大, 其新机 获得该物种的基因组和重要功能基因的序列信息,阐 型 Hiseq2000产出量为 600 G/run, 但读长比 454测序 述该物种的进化史, 了解该物种生长发育和适应环 短通常为 100 bp; ABI/SOLiD 读长昀短 50 bp, 但 境的分子机制. 全基因组 de novo 测序也称为从头测 其创新之处在于双碱基编码的应用, 降低了测序的英文引用 格式: Yue G D, Gao Q, Luo L H, et al. The application of High-throughput sequencing technology in plant and animal research. SCIENTIA SINICA Vitae, 2012, 42: 107 ?124, doi: 10.1360/052011-634 岳桂东等: 高通量测序技术在动植物研究领域中的应用 序, 它不依赖任何现有的序列资料, 而直接对某个物 基因组计划顺利完成后,科学家们发现对于全面解析 种的基因组进行测序, 然后利用生物信息学分析手 众多具有重要科研和经济价值的动植物物种的基因 段对序列进行拼接、组装, 从而获得该物种的基因组 组序列信息来说, 速度慢、通量低和成本高的第一代 序列图谱测序技术远远满足不了需求, 这也使得全新测序技 1990 年人类基因组计划的启动, 标志着生命科 术的开发显得更为紧迫和必要 学研究向基因组学领域迈出了重要一步; 多种实验 第二代测序技术