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基因检测结果风险评估和生物信息学 郑征 M. D. 青岛大学 生物化学与分子生物教研室 序言：所有表型（疾病）都是遗传和环境共同作用的结果 2 外显率（ Penetrance）是指一定环境条件下，群体中某一基因型（通常在杂合子状态下）个体表现出相应表型的百分率。外显率为100%时称完全外显（complete penetrance），低于100%时则为不完全外显（incomplete penetrance）或外显不全。 临床中： 外显率100%意味着所有携带某种遗传变异的人最终都会罹患相应的疾病，常为单基因遗传病，如Huntington病 BRCA1基因变异的女性有85%将会最终发展为乳腺癌，外显率为85%；男性外显率则不到1% 序言：所有表型（疾病）都是遗传和环境共同作用的结果 3 基因检测：预测遗传因素对个人健康的影响 指导生活方式（运动、饮食等） 规避诱发疾病的风险因素 指导用药（剂量、替换） 进一步诊断、治疗、预防 一、基因检测报告的内容：1.商业化检测案例 （1）23andMe在2013年初提供的基因检测服务项目 Carrier Status：48项遗传变异位点检测 Drug Response：20项药物反应检测 Disease Risk：119项疾病患病风险检测 Traits：57项遗传特征检测 4 一、基因检测报告的内容：1.商业化检测案例 （2）华大医学目前提供的基因检测项目 （卫计委评估公布的第一批高通量测序技术临床应用试点单位之一） 5 一、基因检测报告的内容：1.商业化检测案例 （2）华大医学目前提供的单基因基因检测项目：各种套组——Gene Test Panel 6 一、基因检测报告的内容：1.商业化检测案例 （3）Pathway Genomics目前提供的基因检测项目 7 一、基因检测报告的内容：2.检测结果示例 8 （1）一脉基因的检测报告样例 一、基因检测报告的内容：2.检测结果示例 9 （1）一脉基因的检测报告样例 一、基因检测报告的内容：2.检测结果示例 10 说明： 参考碱基和基因型为正链； SNPedia结论：红色、绿色、蓝色、灰色分别表示有害、正常、有益突变和样品未覆盖； SIFT：基于同源蛋白氨基酸保守性的预测； Polyphen2：基于同源蛋白的三维结构预测； MutationTaster预测：基于进化保守性、剪切位点改变和mRNA水平的变化引起的蛋白质特征丢失等信息预测； -(空数据值)：表示突变位点不在基因编码区。 （1）一脉基因的检测报告样例 一、基因检测报告的内容：2.检测结果示例 11 （2） Pathway Genomics的检测报告样例 一、基因检测报告的内容：2.检测结果示例 12 （2） Pathway Genomics的检测报告样例 一、基因检测报告的内容：2.检测结果示例 13 （2） Pathway Genomics的检测报告样例 二、基因检测报告的形成：1. 支撑报告的基础研究 14 检测报告中的注意事项及免责声明 二、基因检测报告的形成：1. 支撑报告的基础研究 15 （1）HGP（Human Genome Project，人类基因组计划） （2）International HapMap Project（国际人类基因组单体型图计划） （3）GWAS（Genome Wide Association Study，全基因组关联分析） （4）GRS （Genetic risk score，遗传风险评分） 二、基因检测报告的形成：1. 支撑报告的基础研究 16 （1）Human Genome Project（人类基因组计划） 测定组成人类染色体（指单倍体）中所包含的30亿个碱基对组成的核苷酸序列，绘制人类基因组图谱，辨识其载有的基因及其序列，破译人类遗传信息。 二、基因检测报告的形成：1. 支撑报告的基础研究 17 （2）International HapMap Project（国际人类基因组单体型图计划） HapMap是人类基因组中常见遗传多态位点的目录，它描述了这些变异的形式、在DNA上存在的位置、在不同人群间的分布状况。不同个体的碱基的差别是目前最常见的遗传多态现象，这些遗传上的差别称为单核苷酸多态性或SNPs（发音为“snips”）。HapMap通过识别在人类基因组中常见的大约一千万个SNPs的大多数，来确定人类的大部分遗传多样性的分子基础。 SNPs也是进行基因定位的分子标记。比如说基因的改变会增加罹患高血压的风险，研究者可以比较高血压患者和正常人的SNPs。如果某一个SNP在高血压患者中很常见，就可以把这个SNP作为标记来定位和识别与这一疾病相关的基因。 二、基因检测报告的形成：1. 支撑报告的基础研究 18 （3）GWAS（Genome W