生物信息学概论第七章蛋白质和RNA结构预测1101.pptVIP

* * * * * * * * * * * * * * * * * 如何寻找一些可行的能量函数，本质上是分子力学的问题。而且，科学家确实已经设计出了许多有效的能量函数。但是从头开始预测蛋白结构的方法由于种种原因还得不到令人满意的结果。 Folding@Home程序利用CPU的空闲时间来对蛋白折叠进行计算。对于一个特定蛋白质的计算，它首先被分成几个不同的部分，然后这些不同的计算部分通过Internet被分配给不同的运行Folding@Home程序的计算机来计算。最后，每个机器将得到的结果返回给服务器，服务器再对这些结果进行合并和处理。 7.5.3 能量函数和优化 7.6结构预测 虽然很多蛋白折叠模型使得我们能够越来越多地了解蛋白质的折叠过程以及蛋白质折叠过程中涉及的各种分子力，但是目前还没有一种从头开始进行蛋白质折叠的算法能够很准确地模拟出一些大蛋白质的空间结构。 蛋白质预测方法： （1）比较建模（同源建模） （2）线索法：反向折叠蛋白 7.6.1 同源建模 同源建模是通过与相近蛋白的结构进行比较来预测目标蛋白的结构的方法。 这种方法依赖于目标序列和已知结构蛋白的序列相似度的强弱，依赖于折叠编码。也就是说，蛋白质氨基酸序列间的变化如果很小的话，那么蛋白质的三级结构的变化也很小。 序列 结构 功能 ….-Gly-Ala-Glu-Phe-…. 功能