可变剪接分析.PPT

Details 结果 点击每个block 可以看到对应的外显子序列，block之间可以认为是内含子序列,可以观察是否符合GT-AG 或是GC-AG模式 Genome Browser 中的结果 基因图中每个方块对应一个外显子，方块之间带有箭头的连线对应基因组上的内含子序列。箭头的方向代表序列转录的方向（5’-3’）。 Genome Browser 中的结果 基因跨度约12.7k。在该区域中有23个已知基因（根据SWISS-PROT, TREMBL, Refseq数据库中的注释），在本例中这23个基因都对应着一个基因（cklfsf1）23个不同的剪接形式。 Genome Browser 中的结果 该组剪接体总体分为两组，第一组包括上方20条序列，起始位点相同。第二组包括最后三条序列，其起始位点在第一组序列中的内含子区域。两组序列共有7个外显子区域。 Genome Browser 中的结果 从图上看造成不同剪接体的原因有三种： 转录起始位点不同。第二组序列起始点位于第一组序列内含子区域，可能表明该附近区域可能有启动子活性。 外显子的跳越现象。3，4，5，6外显子均存在被切除的现象。 剪接位点的偏移。在同一外显子区域，外显子的大小不同（对应方块的大小不同），可能是由于内含子内存在多个相邻的剪接信号，导致不同的剪接结果。 查看EST支持 Genome Browser 提供的一个重要资源是EST在染色体上的定位信息，其基本做法是把EST数据与基因组作比对后，按照最好的匹配结果将EST唯一的定位到基因组上。 通过EST可以对不同剪接体提供佐证 Genome browser 中的EST 数据 分为两个集合： 已剪接EST集合（human ests that have been spliced） 包括未剪接EST的所有EST集合（human ests including unspliced） 后者包括前者。已剪接EST集合是与基因组比对后可以被分成多个外显子结构，且外显子之间的序列符合内含子剪接位点模式（GT-AG模式）的EST。全部EST集合则不考虑是否含有剪接位点，其中可能有染色体污染和一些未经剪接的EST数据。 Spliced EST Total ESTs EST 数据选择 整条序列在染色体上以单外显子形式出现很可能是染色体污染。一般优先看已剪接EST数据对基因的支持情况，如数量不足再看包含未剪接EST的所有EST集合 改变查看区域 在browser 里可以任意移动查看，改变位置的方法有两种，一是直接输入定位数字，二是通过窗口下方的方向箭头移动。 改变查看区域 查看其它性质 有些注释信息默认不显示，用户可以在browser下方选择显示。比如查看spliced EST 使用Genome Browser 获得序列 使用genome browser除了可以浏览基因的相关信息外， 还可以很方便的获取想得到的基因组序列。方法是通过 browser 上方的DNA 连结。 可变剪接分析 yup@ 主要内容 可变剪接介绍 使用UCSC Genome browser分析 可变剪接成因分析 其它分析工具及数据库 基因表达谱 一、可变剪接介绍 可变剪接 (alternative splicing) 即一个 mRNA 前体通过不同的内含子去除方式可 以获得不同成熟mRNA 。 可变剪接示意图 可变剪接是生物多样性的重要成因 高等生物与低等生物的基因数量并没有特别显著 的差别，如人的基因估计约30000-40000，小鼠 的基因也为30000左右，而且人鼠基因有很多存 在有很高的相似性。果蝇、线虫等基因约为 15000，基因数量的差别不足以解释以上物种间 存在的显著差异。 据估计，人40-60%的基因存在可变剪接形 式。通过可变剪接，产生多种蛋白产物， 放大了对不同物种基因组的差别，极大的 扩展了不同物种的变化空间。 可变剪接与蛋白质组 可变剪接的生理意义 可变剪接与基因表达的时空性息息相关，在不同时期，不同组织基因的表达形式可能不同，与物种发育的不同时期对应。 可变剪接的调控与生物体的健康息息相关，其突变可以直接导致疾病。 1.1 可变剪接背景知识 内含子剪接信号 内含子剪接需要区分外显子及内含子，识别信号主要包括 内含子5‘ 及 3’ 末端序列及中间分支点（branch site）附近的序列。 内含子剪接信号 内含子5‘ 剪接点称为供体点（donor site），3’剪接点称为受体点(acceptor site)。 内含子开始和末尾的两对碱基最为保守，大多数情况为 GU-AG (约占99.24%),少数为GC-AG(约占0.7%), 极少数为AT-AC（0.05%)。除了这两对保守碱基外，他们附近的碱基在不同物种间存在差异