chem3d常用功能使用教程.ppt

* 粘贴复制结果 * 在子结构上进行编辑 * 4. 使用模板建立模型 * * ChemDraw中 画出的分子结构 复制粘贴到Chem3D中 5. ChemDraw和Chem3D信息转换 * Chem3D中 画出的分子模型 复制粘贴到 ChemDraw中 * （1）查找原子的范德瓦尔斯半径 【View】【Atom Types.TBL】窗口，找到各种元素在不同环境的半径 计算功能演示 * * * （2）观察分子的大小 建立苯模型。执行【View】【Connolly Molecular】弹出Suface对话框；【solid】选项可以选择分子表面的类型；【Resolution】滑动到右边，其值为100 * * * * * View/Solvent Accessible 菜单 甲苯结构 * （3）计算分子体积 建立苯模型。执行【Analyze】【Compute Properties】在【Available Properties】选框中双击【Connolly Solvent-Excluded Volume SVE-ChemPropStd】选项，使之加入到【Selected Properties】框中。单击ok， * * 乙烯模型中的双键信息 * 键级改动 * 显示氢及孤对电子 * 不显示氢及孤对电子的环己烷 原子名称及序数 * 选择工具，双击原子，按顺序改变原子序号 * 隐藏或显示其它原子 居中 移动到 色彩调节 显示元素符号 显示元素编号 显示实心球 显示点阵表面 调整键长 破坏键 调整键级 就近结合 添加质心 颠倒 调整矩阵 隐藏所选部分 隐藏非选部分 显示所有原子 显示邻近原子 显示背面 定义基团 * 利用【键】工具建立的结构，键角及键长可能不正常，应【整理结构】 * 环己烷的椅式构象 * 使用【文本】工具输入结构式 2. 利用文本工具建立模型 * 按【Enter】自动转化为模型 * 括号表示支链 * * 整理结构 * 简单优化 观察分子变化 * 4-甲基-2-戊醇模型 * 建立1，2-双甲基环戊烷模型 * * 整理结构 * 建立Ibuprofen(布洛芬)模型 * * 建立十肽菌素模型 * * 建立十二丙氨酸醇分子模型 * * 改变显示方式 模型类型窗口： * 设为线状模型 * * 设为带状模型 * a-螺旋模型 * 使用子结构建立模型 3. 利用子结构建立模型 * 子结构模型库 * 选择所需的子结构，然后复制 * * * * * PF3计算结果 * PI3计算结果 * * * Chem3D介绍 提供功能 制作结构： 立体旋转； 读取chemDraw结构； 进行结构优化计算进行量化结构； 并和数种量子化学软件结合在一起。 chem3D是一个三维分子结构演示软件 * Chem3D起始界面 * 主界面 Chem3D起始界面 * 工具栏 模型窗口 模型类型 三维视图 ChemDraw切换 图标工具栏 模型数据窗口 扩大（缩小）窗口 消息窗口 状态栏 * 选择 轨迹球 单键 双键 三键 虚键 文本 橡皮 大小调整 * 显示设置 * 视频设置 模型显示设置 立体显示 弹出信息 配体显示 结构显示 原子标记 原子显示 色彩选项 * 显示设置属性 Model Type 线状模型 棒状模型 球棍模型 圆柱键模型 比例模型 * 带状模型 * 结构不同显示方式 View/Setting/Model Dispaly 菜单或F6键：五种 Wire Frame Sticks Ball-Sticks Cylindrical Bonds Space Filling * 带状模型常用于生物分子 * 代表用红蓝两种色彩的立体显示 代表用深色显示模型，就是对于模型的部分 按观察者的角度不同着色 代表显示两个立体结构完全相同的模型 代表模拟现实的角度观察模型，使模型更 接近真实 代表显示模型的时候将后面的部分以阴影 形式表示，这样模型的立体感更强。 * * 选择【单键】工具，在模型窗口向右按动 圆柱键模型 1. 利用键工具建立模型 建立3D模型 * 线状模型 * 棒状模型 * 球棍模型 * 比例模型 * 选择【轨迹球】工具，使分子模型 在模型窗口沿X、Y轴旋转 X、Y轴旋转指示 * 选择【轨迹球】工具并按“Alt”键， 使分子模型在模型窗口沿Z轴旋转 Z轴旋转指示 * 模型结构信息 光标位于原子上， 自动显示原子信息 * 工具栏显示原子的符号和标号 * 光标位于键上， 自动显示键信息 模型结构信息 * 模型的进一步信息 显示键长变化 显示键角变化 显示二面角 显示所有没有相邻的原子的距离 * 模型的键长数据 * 模型的键长和键角数据 * * * * * PF3计算结果 * PI3计算结果 * *