连锁分析和遗传图谱构建.pptx

连锁分析和遗传图谱构建 ;连锁图谱在遗传研究中的重要性;连锁分析和遗传图谱构建;§1 世代转移矩阵;连锁和交换经典遗传定律;世代转移矩阵的定义;两个座位上的10种基因型;10种基因型的来历：从两个座位看;10种基因型的来历：从雌雄配子看;10种基因型的频率向量;后续世代中10种基因型的频率向量;转移矩阵;转移矩阵的作用;AABB和AABb与亲本P1回交;AAbb和AaBB与亲本P1回交;AB/ab与亲本P1回交;Ab/aB与亲本P1回交;Aabb和aaBB与亲本P1回交;aaBb和aabb与亲本P1回交;与亲本P1回交的转移矩阵;与亲本P2回交的转移矩阵;自交世代转移矩阵：双纯型;自交世代转移矩阵：单纯或单杂型;自交世代转移矩阵：双杂型AB/ab;自交世代转移矩阵：双杂型Ab/aB;自交世代转移矩阵;加倍单倍体世代转移矩阵;连续自交世代转移矩阵;基因型理论频率的矩阵表示;基因型理论频率与杂种F1的频率f(0)和转移矩阵的关系（1-10）;基因型理论频率与杂种F1的频率f(0)和转移矩阵的关系（11-20）;§3 两个标记/基因座位间重组率的估算;DH群体中重组率的极大似然估计;DH群体中重组率的极大似然估计;DH群体中的期望基因型频率和观测值;重组率的极大似然估计和显著性检验1、建立重组率r的似然函数;重组率的极大似然估计和显著性检验2、建立对数似然函数;重组率的极大似然估计和显著性检验3、对对数似然函数求导;重组率的极大似然估计和显著性检验4、求解重组率r的极大似然估计;重组率的极大似然估计和显著性检验5、求重组率估计值的方差;重组率的极大似然估计和显著性检验6、重组率显著性的似然比检验;重组率的极大似然估计和显著性检验6、重组率显著性的似然比检验;大麦DH中标记Act8A和OP06之间的重组率;F2和F3群体中一个共显性座位A和一个显性座位B间6种基因型的理论频率;重组率MLE的Newton迭代算法;Newton迭代算法的几何原理;Newton迭代算法的初始值选择;F2群体中重组率估计的EM算法 ;F2群体中重组率估计的EM算法 ;三种重组率初始值下, EM算法六次迭代的结果;EM迭代算法的初始值选择;奇异分离现象;奇异分离对重组率估计的影响 ;基因型aa相对于AA的选择系数s取不同值时重组率的估计值;§5 作图函数和遗传图谱构建;遗传连锁图谱;三点分析;无干涉时三个重组率的关系;遗传干涉和干涉系数;干涉系数的计算;大麦DH群体中1H染色体上14个标记的成对重组率估计值;干涉系数可正可负;作图函数;作图函数;Morgan作图函数;Haldane作图函数;Kosambi作图函数;不同作图函数的区别和使用;遗传连锁图谱构建的步骤;QTL IciMapping中的分群算法;连锁图谱构建步骤一：分群;情形1: k=0, 即当前没有任何标记群;情形2: k0, 即已经产生一些标记群, 适用于有锚定标记的分群;分群结果的不确定性;QTL IciMapping中的排序算法;组合数学中的旅行商问题(traveling salesman problem, TSP);Finding the solutions ;The solution for TSP “sw24978”;标记排序与TSP问题求解之间的相似性;TSP问题求解步骤1：构造一个起始序列;最近邻居算法构造起始序列;TSP问题求解步骤2：序列改进的Two-opt算法;Two-opt改进算法示意图左图为交换前的回路, 右图为交换后的回路;TSP问题的解与图谱之间的差异;TSP问题求解步骤3：图谱调整算法;QTL IciMapping中调整算法的标准;大麦DH群体中1H染色体上14个标记的排序;连锁图谱与物理图谱