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郑连友 E-mail:lianyouzh@ 一个基本的DNA序列分析方案 第六章、核酸和蛋白质序列分析 6、CpG岛分析 CpG岛，是指哺乳动物基因启动子及其附近大量的CpG位点(CpG表示指C、G以磷酸基连接)。 事实上基因组中60%～ 90% 的CpG 都被甲基化, 未甲基化的CpG 成簇地组成CpG 岛, 位于结构基因启动子的核心序列和转录起始点。有实验证明超甲基化阻遏转录的进行。 第六章、核酸和蛋白质序列分析 CpG岛工具用来查找一条DNA序列中CpG岛，使用Gardiner-Garden and Frommer (1987)描述的方法。用一个200bp的窗口移过序列，每次移一个碱基对，进行计算。 CpG岛定义为Y值大于0.6并且GC含量大于50%的200bp序列区域。只有符合以上标准，才输入结果。CpG岛经常在脊椎动物基因的5区域发现，因此，这个程序可用来在基因组序列中查找潜在的基因。 第六章、核酸和蛋白质序列分析 （1）WEBGENE的CpG分析 r.it/cgi-bin/wwwcpg.pl 第六章、核酸和蛋白质序列分析 （2）、EBI的CpGPLOT http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/ 第六章、核酸和蛋白质序列分析 7、终止信号分析 r.it/~webgene/wwwHC polya.html 第六章