第十一章微生物分类.pptVIP

3.计算两菌株间的相关系数：计算机运用专门编写的程序，对OTU进行两两比较，最后计算出OTU之间总的相似系数。 4.列出相似度矩阵：由计算机计算各OTU之间的相似性并根据相似性的数值进行聚类分析、分群归类，得到相似度矩阵，即S矩阵。例如我们对10个菌株进行数值分类，经过系统聚类得到图A的S矩阵，相似度为百分数，100表示每个OTU自己与自己相比，自然全同。 将相似度高的和低的分别列在一起，结果得到 图B 所示的矩阵。 10个菌株的相似度矩阵 对10个菌株进行数值分类，经过系统聚类得到图A的S矩阵 5.系统聚类和结果的表示：数值分类结果可用多种方法表示，其中树状谱图由于直观明确而最常用。从图A所示的S矩阵看不出这10个菌株的相互关系，因此需要对矩阵进行重新处理，将相似度高的和低的分别列在一起，结果得到图B所示的矩阵再转换成能显示这10个菌株相互关系的树状谱(图C )。 由于数值分类法是按大量表型特征的总相似性进行分类的，故其结果不可能直接反映系统发育的自然规律，因此，由数值分类法获得的类群只能称为表元（phenon）或表观群（phenotic group），而不能当做严格的分类单元。 图C 10个菌株间相似度的树状谱 虚线表示各菌株相似度的水平，可用作属与