基于距离的系统发生分析.pptVIP

4.4.3 距离变换法 除UPGMA法外，其他的一些基于距离矩阵的方法考虑了不同的家系有不同的进化速率，其中最简单的最早的算法是距离变换法。 这种方法充分利用了外群或外部参考物种——先于其他所有被考虑的物种 [内群或内部物种 (从它们的共同祖先中分化出来的那些物种)] 。 4.4.3 距离变换法 d’ij=（dij-diD-djD）/ 2+dD 公式中d’ij是物种i和j之间变换后的距离， dD是外部参考物种与全体内部物种之间的平均距离。 dD=ΣdiD / (n-1) 物种 A B C B 9 C 8 11 D 12 15 10 － － 四个物种两两进化距离（假设树可加） － A B C D 3 6 2 3 1 6 4.4.3 距离变换法 d’ij=（dij-diD-djD）/ 2+dD 公式中d’ij是物种i和j之间变换后的距离， dD是外部参考物种与全体内部物种之间的平均距离。 dD=ΣdiD / (n-1) 物种 A B C B 9 C 8 11 D 12 15 10 物种 A B B 10/3 C 16/3 16/3 － － 四个物种两两进化距离（假设树可加） 3个物种为内部物种，D为外部物种时的 距离矩阵 － 物种 A B C B 9 C 8 11 D 12 15 10 物种 A B B C dD=(dAD+dBD+dCD) / 3