蛋白质的物理化学性质.pptVIP

二、蛋白质折叠的动力学研究  ※ 蛋白质折叠 线性多肽链的一级结构最终形成具有三维 结构特征并表现其生物学功能的天然蛋白质的 复杂过程。 ※ 蛋白质折叠的步骤 成核 变性蛋白 ↓ ↓ ↓ 二级结构 结构域 折叠的交互式蛋白 ↓ ↓ 折叠的活性单体 组装 ↓ ↓ 交互式寡聚蛋白 活性寡聚蛋白 1．折叠动力研究技术与方法 Levinthal puzzle：假定每个氨基酸残基可能的构象状态数为j，一个有N+1个氨基酸残基，N个肽单位的完全去折叠蛋白质，其肽链可能获得的构象状态数为j N。 例如j=8,一个有101个氨基酸残基的较小的蛋白质，其肽链的可能构象状态为8100（1089） 如果构象之间的转换速率为k，蛋白分子经历全部构象的平均时间为： τ=（Nk）-1jN 例如：101个氨基酸残基的蛋白质经历全部构象的时间多于1066年。 蛋白质的折叠不是一个随机过程，而是通过特定的动力学途径达到天然构象，即动力学上最容易达到的构象。 吉布斯自由能 构 象 热力学控制 天然状态 吉布斯自由能 构 象 天然状态 非天然状态 蛋白质折叠的热力学控制和动力学控制 动力学控制 蛋白质天然构象的形成 蛋白质多肽链正确折叠原因 某些因素在蛋白质折叠的动力学过程中起控制作用 。 如：I型人类胰岛素生长因子（IGF-I） 枯草杆菌蛋白酶(subtilisin) 蛋白质折叠动力学控制的研究基础----热力学假说 蛋白质构象的研究方法 测定溶液中的蛋白质分子构象 测定晶体蛋白质分子构象 测定蛋白质构象的各种方法 方 法 提供的结 构信息 主要指标 主要设备 应 用 核磁共振 溶液中蛋白质分子构象；构象动力学 化学位移，谱线强度，自旋偶合常数 脉冲傅里叶 NMR波谱仪 越来越多 圆二色性光谱法 二级结构 及其变化 椭圆度 圆二色性光谱仪 很多 荧光光谱 Tyr或Tyr微区；构象变化 发射光谱， 量子产率 自动扫描荧光分光光度计 很多 紫外差示光谱法 Tyr或Tyr微区；构象变化 不同波长?OD 双光路紫外分光光度计 很多 激光拉曼光谱法 二级结构 拉曼光谱峰 激光拉曼光谱仪 不够成熟应用比较困难 氢同位素交换 氢键数目，规则二级结构含量 与环境水不可交换的肽键氢的个数 1.红外分光光度计 2．分子筛+氚测定 较少 X射线衍射结构分析 多肽链上所有原子的空间排布，但氢原子除外 衍射点的强度和位置 高分辨率X射线衍射仪 很多 小角中子衍射 多肽链上所有原子的 空间排布 散射强度的分布 中子源；小角相机 刚起步 2.过渡态 模拟的折叠过程 过渡态理论 是否适合于描述蛋白质分子的折叠／退折叠过程 ？ 3．折叠中间态 (1)熔球态（molten globule） ※主要特征: ①天然态二级结构，但三级结构却不完整； ②它比天然态有较多的疏水区域暴露； ③当熔球态变性到伸展态时，温度跃迁消失。 例如Goto等发现，在强酸导致肽链完全伸展时，可以得到β-乳球蛋白（β-Lactoglobulin）、细胞色素c（cytochromec）及去辅基肌红蛋白（apo-Mb）的熔球态。 ※蛋白质正确折叠过程中的阻碍 ①部分折叠的中间体在分子间疏水作用下而引起的聚集 ②脯氨酸残基的异构化 ③半胱氨酸错误配对而形成的二硫键连接 折叠病： 蛋白质分子的氨基酸序列没有改变，只是其结构或者说构象有所改变也能引起疾病。 疯牛病 朊病毒：正常蛋白的错误折叠形成的致病蛋白-朊病毒蛋白(PrP)在脑组织中累积而引起的 ※蛋白质折叠病 朊病毒蛋白错误折叠 /course/reviews/MM/HouMengM.pdf 其它常见的折叠病 老年性痴呆症、囊性纤维病变、家族性高胆固醇症、家族性淀粉样蛋白症、某些肿瘤、白内障等等都是折叠病。 （2）快态与慢态 蛋白质退折叠态的构象上具有多样性: 例如牛胰核糖核酸酶在变性条件下发生退折叠，结果表明，只能观察到两种构象—天然态N和伸展态U，并且它们处于快速平衡中： U N RNase的重折叠快相和慢相的双相动力学过程 退折叠蛋白质中，脯氨酰异构化是研究得较为清楚的慢反应 慢 UF US N 快 U M N 蛋白质在某些变性条件下还存在平衡中的另一状态，如α-乳清蛋白。 （3）二硫键引起的中间态 二硫键异构酶功能 ①具有催化蛋白质天然二硫键快速形成的能力 ②特异性较低可