基于多序列特征的细胞因子家族预测研究-计算机应用技术专业毕业论文.docxVIP

何 何 题 硕 士 学 位 论 文 答 辩 委 员 会 成 员 名 单 姓姓名名 职 称称 单 位位 备 注注 顾顾国庆庆 教 授授 华 东师 范 大 学学 主席席 王王新 伟伟 副教 授授 华 东师 范 大 学学学 刘刘素 霞霞 副教 授授 华 东师 范 大 学 摘 摘 要 蛋 白质 家 族 识 别 与 分 类 预 测 是 “后 基 因 组 时 代 ”重 要 任 务 之 一 。细 胞 因 子 是 一 类 由 免 疫 细 胞 和 其 它 相 关 细 胞 产 生 的 能 够 调 节 细 胞 功 能 的 高 活 性 多 功 能 的 低 分 子 量 蛋 白质 。它 在 人 类 许 多 重 要 生 理 活 动 中扮 演 着 重 要 的 角 色 。对 细 胞 因 子 家 族 特 别 是 未 知 其 功 能 的细 胞 因 子 进 行 识 别 和 分 类 预 测 ，不 仅 有 助 于 直 接 阐 明 生 命 体 在 生 理 或 病 理 条 件 下 的 变 化 机 制 ，而 且 对 生 物 制 药 、疾 病 治 疗 等 应 用 领 域 具 有 直 接 的 指 导 作 用 ，因 而 具 有 重 要 的 研 究 意 义 。然 而 ，面 对 日渐 增 长 的 蛋 白质 序 列 数 据 ，寻 找 一 种 快 速 而 准 确 的 计 算 方 法 来 预 测 蛋 白质 家 族 并 确 定 其 功 能 ，一 直 以 来 是 生 物 信 息 学 研 究 巫 待 解 决 的难 点 和 关 键 问题 之 一 。 本 文 在 深 入 分 析 现 有 蛋 白质 功 能 预 测 方 法 的 理 论 基 础 上 ，以机 器 学 习 理 论 中 的 支 持 向量 机 方 法 为 基 本 工 具 ，探 讨 了氨 基 酸 和 二 肤 混 合 组 成 、二 肤 组 成 和 长 度 、 伪 氨 基 酸 组 成 等 多 种 特 征 提 取 方 法 ，并 在 此 基 础 上 开 发 了 细 胞 因 子 家 族 识 别 与 分 类 预 测 软 件 C yto K ey 。对 比测 试 结 果 表 明 ，C yto K ey 识 别 和 分 类 细 胞 因 子 的 精 度 较 以前 方 法 有 显 著 的 提 高 ，尤 其 是 二 肤 组 成 和 长 度 特 征 方 法 ，优 于 国 际 上 最 新 发 布 的 细 胞 因 子 预 测 软 件 C T KP red 。 目 前 ， C yto K cy 已 提 供 了 w eb 服 务 ( h t tP :/ /m e d 一e o m P u tin g .e o m ) 。 关 键 词 : 支 持 向 量 机 ，细 胞 因 子 ，特 征 向量 ， 分 类 预 测 A b A b s tr a e t R e e o g n itio n a n d e la ssif ie a tio n o f P ro te in f am ily a re o n e o f t he m o st im P o r ta n t m issio n s in P o st一g e n o m ie era . C yto k in e s are a k in d o f P ro te in th at are P ro d u ee d b y inun u n o e yte s o r re late d e e lls to re g u late fun e tio n s o f e e rta in ee lls. T h e y P la y im P o rtan t ro le s in m an y P h y sio lo g iea l a etiv itie s o f h um an . T h e P re d ietio n o f c yto k in e 几m ilie s，e sP e e ia lly th o se e yto k in e s W h o se fun e tio n s are u n k n o wn ，n o t o n ly h e lP s to r ev e a l th e P a th o lo g ie a l o r P h y s io lo g ie a l tra n s f or m a tio n m e e h a n ism o