第5章 蛋白质的三维结构(2015-8-4).ppt

第5章 蛋白质的三维结构; 1、与溶剂分子（通常是水） 的相互作用 2、溶剂的PH值和离子构成 3、蛋白质的氨基酸序列 （重要因素） 天然蛋白质只有一种或几种构象，是热力学上最稳定的;思考题：何谓蛋白质的构象？构象与构型有何不同？;1．X射线衍射法：（测晶体结构） 2．研究深夜中蛋白质构象的光谱方法： （1）．紫外差光谱：芳香族氨基酸 （2）．荧光和荧光偏振：芳香族氨基酸 （3）．圆二色性：圆二色性法可以测定蛋白质中α-螺旋、β-折叠或β-转角等含量 （4)． 核磁共振（NMR）：（测溶液中蛋白质构象结构）;共价键;蛋白质分子中的共价键与非共价键;（一） 氢键;氢键;Interactions that determine the tertiary structure of proteins;Interactions that determine the tertiary structure of proteins; van der Waals forces ; ;hydrophobic interaction; ; 中科院2006年硕土学研究生入学试卷; 它是正电荷与负电荷之间的一种静电相互作用。在生理pH下,蛋白质中的酸性氨基酸（天冬氨酸和谷氨酸）的侧链可离解成负离子，碱性氨基酸（赖氨酸、精氨酸和组氨酸）的侧链可离解成正离子。在多数情况下这些基团都分布在球状蛋白质分子表面，而与介质水分子发生电荷-偶极之间的相互作用，形成排列有序的水化层，这对稳定蛋白质的构象有着一定作用。 ;（五）二硫键 ;维持蛋白质空间构象的作用力; 共价键-二硫键; ; 思考题;思考题; 稳定双螺旋结构的因素; ;1. 酰胺平面(The peptide group); 二面角（dihedral angles）：两相邻酰胺平面之间，能以共同的Cα为定点而旋转，绕Cα-N键旋转的角度称φ（fai ）角，绕C-Cα键旋转的角度称ψ（psi）角。φ和ψ称作二面角，亦称构象角。;二面角; 一个天然蛋白质多态链在一定条件下只有一种或很少几种构象，而且相当稳定。; 二面角所决定的构象能否存在，主要取决于两个相邻肽单位中非键合原子间的接近有无阻碍。Ramachandran根据蛋白质中非键合原子间的最小接触距离，确定了哪些成对二面角。 Cα上的R基的大小与带电性 影响Φ和Ψ ;?? 拉氏构象图;四、蛋白质的二级结构;(一)α-螺旋（Helix）;1）绝大多数天然蛋??质都是右手螺旋。(为什么？） 2） 每隔3.6个氨基酸残基螺旋上升一圈；每圈间距0.54nm，即每个氨基酸残基沿螺旋中心轴上升0.15nm，旋转100°;3） α-螺旋结构的氢键形成;螺旋的偶极矩和帽化;肽键的结构特点;螺旋的偶极矩;4) 螺旋体中所有氨基酸残基侧链都伸向外侧；链中的全部C=O和N-H几乎都平行于螺旋轴,氢键几乎平行于中心轴; 5）构成螺旋的每个Cα都取相同的二面角Φ、Ψ。 二面角 Φ=-57 Ψ=-48; 这种超二级结构不仅稳定了蛋白质的构象，而且也和一些蛋白质的功能密切相关。如由亮氨酸拉链或螺旋-环-螺旋组成的两亲螺旋促进调控蛋白形成的同型或异型二聚体。;转录调节因子的结构; 蛋白质中的α-螺旋几乎都是右手螺旋(右手螺旋比左手螺旋稳定，否则Cβ接近主链C=O中的O),但在嗜热菌蛋白酶中有很短的一段左手α-螺旋, ;4、侧链在a-螺旋结构的影响：;氨基酸的解离-- pKa值;肽链中侧链影响三维结构;pH对α—螺旋的影响;思考题; 1. 判断多聚赖氨酸（poly-Lys）在PH=7时和在PH=11时呈现的构象;解释Pro 和Gly的影响 ：;思考题; 5）其他类型的螺旋; 思考题; 思考题; 思考题; 思考题; 思考题; 思考题; 思考题;1、定义: β-折叠：两条或多条几乎完全伸展的多肽链(或同一肽链的不同肽段)侧向聚集在一起,相邻肽链主链上的NH和C=0之间形成氢链,这样的多肽构象; 2、β-折叠的特点;?-折叠有两种类型比较; ?-pleated sheet ; R-基团太大时， ?-折叠不易形成（影响两肽段彼此靠近）。如：蚕丝蛋白中含有大量的 ?-折叠，因为其结构中含有大量的Ala和Gly（其R-基团小）。;疯牛病中的蛋白质构象改变;思考题;思考题;（三）.β-转角（β-turn）; β-转角的特征; 思考题;DNA中的发卡结构;1、终止子：提供转录终止信号的一段DNA序列。(在转录单位内部);大肠杆菌中的