基于配体的药物设计课件.ppt

基于配体的药物设计;思考题;*;*;*;*;*;*;*;*;*;*;*;*;*;*;*;*;*;*;*;*;*;*;*; Electrostatic map indicating red contours around regions where high electron density (negative charge) is expected to increase activity, and blue contours represent areas where low electron density (partial positive charge) is expected to increase activity.;*;*;*;此外，CoMFA仅考虑立体场和静电场 所选用的分子势能函数在某些格点附近会出现显著变化，出现异常数值，需要定义能量的截断（cut off）值，导致某些区域的分子场信息不能很好的表达。;CoMFA应用实例 ;以活性最高的化合物作为模板，用商业化软件包BioMedCaChe对所有分子进行低能构象搜索并用AM1方法优化后进行叠合，叠合点为图中标有*的原子。进行CoMFA计算时，随机选取16个化合物作为预测集，用以检验模型的预测能力，其余化合物作为训练集。将重迭好的分子置于一个正规三维网格中，格点间距离为0.2 nm。用探针计算分子在每个格点上的