具有遗传性疾病和性状的遗传位点分析 (3).pdfVIP

参赛密码 （由组委会填写 ） “华为杯”第十三届全国研究生 “华为杯”第十三届全国研究生 数学建模竞赛 数学建模竞赛 题 目 具有遗传性疾病和性状的遗传位点分析 摘 要 ： 大量研究表明，人体的许多表型性状差异以及对药物和疾病的易感性等都 可能与某些位点相关联，或和包含有多个位点的基因相关联。因此，定位与性 状或疾病相关联的位点在染色体或基因中的位置，能帮助研究人员了解性状和 一些疾病的遗传机理，也能使人们对致病位点加以干预，防止一些遗传病的发 生。 对于问题一，根据位点中碱基对的特征，基于生物基因的加性效应，位点 中的三种组合分别可编码为0、1,、2，其中1代表杂合子基因，0和2分别代 表纯合子基因中的主要等位基因(major allele)与次要等位基因(minor allele)。 对于问题二，需通过一定方法计算出每个位点与疾病之间的关联程度，本 文首先通过卡方检验进行建模，并且分别用BenjaminiHochberg （下简称BH 校正）和Bonferroni校正 （下简称BONF校正）P值。阈值为经过校正后P值 小于 0.05。满足阈值的致病相关位点为 rs2273298 （BH 校正后 p 值为 0.0006024;BONF校正后P值为0.0006024）。除此之外，还采用置换检验模型和 贝叶斯模型进行检验，检测出来最显著的致病位点与卡方检验相一致，因此最 终得出与疾病相关的位点有一个，位点名称为：rs2273298 （置换检验模型校正 后p值为0.009445，贝叶斯因子的对数取值为4.51238）。 对于问题三，根据基因可以表示为位点的集合这一特征，本文采用 Set-based test和VEGAS模型对一个基因内连锁不平衡的SNP位点进行建模， 并且都采用置换算法进行模型求解，阈值为经过BH校正后P值小于0.05，最 - 2 - 终两个模型得到了一致且较好的效果。与疾病相关联的基因有三个，基因所属 序列为：gene_55、gene_102、gene_217 （Set-basedtest模型BH校正P值后 分别为 0.149985,0.04,0.149985 ；VEGAS 模型 BH 校正后 P 值分别为 0.00165,0.0184,0.0009）。 对于问题四，多个性状往往表现为一个整体来进行衡量，本文分别采用 mv-plink模型和MultiPhen模型对多个表型之间的关联进行建模，并且找出这 些关联表型的致病位点。阈值选取为经过BH校正后P值小于0.05。最终两个 模型都得出与样本中十个性状有关联的位点有一个，位点名称为：r （mv-plink模型 BH校正后P值为2.8684471020 ；MultiPhen模型BH校正后 P值为8.306198102 1 ）。 关键词：遗传统计学， 全基因组关联性分析(GWAS)，位点(SNPs) ，卡方 检验 - 3 - 目 录 一、 问题描述- 5 - 二、 合理假设与符号说明 - 7 - 2.1 合理假设- 7 - 2.2 符号说明- 7 - 三、 问题分析- 8 - 3.1 问题一- 8 - 3.2 问题二- 8 - 3.3 问题三- 8 - 3.4 问题四- 8 - 四、 模型特点介绍- 9 - 4.1问题二的建模- 9 -