呼吸疾病的遗传学.docVIP

PAGE PAGE 1 Lecture Notes 呼吸疾病的遗传学 张咸宁（细胞生物学与医学遗传学系） 2014/03 一、概述 1．寻找和鉴定呼吸系统疾病的相关易感基因及其相互作用的环境因子，是国际医学的研究热点之一。 2．目前分子机制了解比较清楚的是α1-抗胰蛋白酶缺乏症（α1-antitrypsin deficiency）和囊性纤维化（cystic fibrosis，CF）。但这2种常染色体隐性遗传病在中国人中均较为罕见。近年来发现，其实囊性纤维化在中国人中并不罕见，只不过症状不典型。 二、α1-抗胰蛋白酶缺乏症 正常人血清中含有几种抑制蛋白酶活性的物质，称为蛋白酶抑制剂（protease inhibitor，PI）。其中最重要的是α1抗胰蛋白酶（α1-antitrypsin，α1-AT或AAT）。α1-AT是一种主要的血浆蛋白酶抑制剂。最初发现其功能是抑制胰蛋白酶，故而得名，但后来发现它能抑制各种不同的丝氨酸蛋白酶（the serine protease inhibitors，serpins）。 α1-AT为肝脏合成的一种糖蛋白，不仅存在于血浆中，还广泛分布于尿液、唾液、支气管分泌物、泪液、脑脊液、羊水、初乳等体液，以及某些组织细胞的胞浆中。它能抑制血清中大约90%的胰蛋白酶、血纤维蛋白溶酶、激肽释放酶、胶原酶、凝血酶和弹性蛋白酶（elastase）等的活性。 在正常生理条件下，α1-AT与弹性蛋白酶的水平处于动态平衡状态。一旦由于某种原因使平衡失调，弹性蛋白酶水平过高，就会导致肺泡结构的永久性损伤，引起肺气肿和肝脏疾病。 α1-AT基因定位于14q32.1，含5个外显子。α1-AT等位基因可分为4种：（1）正常型（normal）；（2）缺陷型（deficiency）；（3）无功能型（null alleles）；（4）功能异常型（dysfunctional alleles）。典型的正常等位基因为Pi*M，常见的缺陷型等位基因包括Pi*Z、Pi*P和Pi*S。 α1-AT缺乏症可看作是一种生态遗传病。 生态遗传学（ecogenetics）：研究生物群体的遗传结构对生存环境及其变化所作反应的遗传学分支学科。 三、GWAS和WES与呼吸系统疾病的研究 GWAS的技术路线如下： GWAS是通过对大规模的群体（病例/对照）DNA样本进行包括单核苷酸多态性变异（SNV）、拷贝数变异（Copy number variation，CNV）在内的全基因组高密度遗传标记并分型，从而寻找与复杂疾病相关的遗传因素的研究方法。自2005年以来，利用GWAS对多种常见疾病进行了研究，发现和重复验证了近2000个SNP或位点，其中包括以前未检测到的而与疾病密切相关的基因及部分未知基因。但此方法耗资巨大，又容易产生假阳性和假阴性，且发现的与疾病关联的SNP多位于基因间或内含子上，很少位于功能区（如外显子区和5’UTR区）。同时，芯片检测位点有一定的有限性，多数是发现常见变异（Minor allele frequency，MAF 5%），而对稀有变异（MAF5%）和其他结构变异不敏感。目前，GWAS是基于常见疾病/常见变异的假说，而越来越多的研究结果表明许多复杂疾病是由稀有变异造成的，而这种基于芯片的GWAS在实验设计时尚未充分考虑这部分信息， WES（全外显子组测序）已在孟德尔疾病或罕见综合征的研究中取得了重大突破，证实了全基因组外显子测序对鉴定孟德尔疾病或罕见综合征的致病基因是行之有效的，可以运用于复杂疾病（包括呼吸系统疾病）、恶性肿瘤的研究中。