lammps初学者in文件中文解析教学教案.doc

1 Lammps初学者——in文件中文解析 （1）初始化 Units： Units命令是用来设定模拟的原子类型。 Units style（lammps现在提供的有style=LJ、real、metal、si、cgs、electron） LJ是硬球模型 Real是真实的原子模型 Metal是金属原子模型 Si是硅（半导体）原子模型 Cgs Electron是电子模型 Dimension： Dimension命令是用来定义模拟的维度，默认情况为三维。 Dimension N （N=2，3） Boundary： Boundary命令是用来设定模拟的边界条件。 Boundary x y z （x，y，z=p，s，f，m四种类型中的一种或者两种） P是周期性边界条件 S是自由边界条件（但是具有收缩性） F是固定边界条件 M是具有最小值的自由边界条件（但是具有收缩性） Atom-style： Atom-style定义了模拟体系中的原子属性。 Delete-atoms： Pair-style： Pair-style定义了相互作用力场类型，即势函数。 （2）原子定义 1、 Read-data/read-restart： Read-data或read-restart为从data或restart文件中读取内容来定义原子。 2、 Lattice： lattice是用来原子类型构建模型晶格结构。 Lattice style scale keyword values... Style表示点阵类型，点阵类型有none、sc、bcc、fcc、hcp、diamond、sq、sq2、hex、custom。 Scale表示构建的点阵类型的单位长度 Keyword表示后面可以追加0个或者多个关键字，关键字有origin、orient、spacing、a1、a2、a3、basis。 各关键字意思为： Region： Create-box： Create-box命令用于在region box命令指定的区域内创建一个模拟的盒子。 Create_box N region-ID N为使用该原子类型进行模拟 Region-ID为使用区域的ID使用模拟域 Create-atoms： Create-atoms用于在所创建的模拟的盒子中填充某种原子。 Create_atoms type style args keyword values ... （3）设定： 力场系数 Pair-coeff： 模拟参数 Neighbor Neighbor是定义 Neighbor skin style Skin为 Style可取bin、nsq、multi Neighbor-modify： Group： Timestep： Timestep是定义模拟的时间步长。 Timestep dt Dt为时间步长（时间单位），默认为1ps Reset-timestep： Fix Fix为定义对部分原子或者对系综的操作。 /doc/fix.html Fix ID group-ID style args ID=指定的操作名称编号（如1、2、3…….） Group-ID=制定操作范围的原子（如all……） Style=操作内容，如何操作 Args=相关操作内容的相关操作参数 Fix-nvt：恒定N（原子数量）、V（体积）、T（温度）对时间积分 Fix-npt：恒定N、P、T对时间积分 Unfix： Compute/compute-modify： 输出选项 Thermo： Thermo命令用于定义每隔一定时间步长输出一次采样内容。 Thermo N 每隔N个时间步长输出一次采样内容至屏幕或者log文件 Thermo_style： Thermo_style命令主要是用来说明采样的内容，即输出到屏幕或者LOG文件中的内容。（/doc/thermo_style.html） Thermo_style style args Style=one、multi、custom Args=特定的参数列表 One args=none Multi args=none Custom args=list of attributes Possible attributes=step、elaosed、elaplong、dt、cpu、tpcpu、spcpu、 Atoms、temp、press、pe、ke、otatal、enthalpy、 Evdwl、ecoul、epair、ebond、eangle、edihed、eimp、 Emol、elong、etail、 Vol、lx、ly、lz、xlo、xhi、ylo、yhi、zlo、zhi、 Xy、xz、yz、xlat、ylat、zlat、 Pxx、pyy、pzz、pxy、pyz、pxz、 Fmax、fnorm、