分子进化与系统发育学课件.pptVIP

基于16S/18S核糖体RNA序列比对得到的古细菌系统发育树 （Ettema等，2005） 生命三界： 细菌（Eubacteria） 古细菌（Archaebacteria） 真核（Eukaryotes） （Woese and Fox, 1977） / 1 May 2003/Page 7/10.1126/science.1085952 STORY 4: 电子显微镜下的SARS冠状病毒 100nm a b c d a b c d 拓扑结构： 有根树：反映时间顺序 无根树：反映距离 理论上，一个DNA序列在物种形成或基因复制时，分裂成两个子序列，因此系统发育树一般是二歧的。 一般考虑二歧的树结构：二歧树 分支： 内部分支 外部分支 节点： 内部节点 外部节点 系统发育树的种类 ——有根树、无根树 a b c d a b c d a b c d a d b c b a c d c a b d d a b c a c b d b c a d c b a d d b a c a d b c b a a c c d a b d c a b 考虑4个分类群时，共有15种可能的有根树 a b c d a c b d a d b c 考虑4个分类群时，共有3种可能的无根树 考察类群数为 m ( m ? 3 )的系统树，其可能的拓扑结构数目为： 有根树 无根树 m=10: 34,459,425种 m=10: 2,027,025种 当 m较大时，选出真实树的拓扑结构十分困难。 分支数目： 有根树 无根树 内部分支数目： 有根树 无根树 内部节点数目： 有根树 无根树 物种树： 代表一个物种或群体进化历史的系统发育树 两个物种分歧的时间：两个物种发生生殖隔离的时间 基因树： 由来自各个物种的一个基因构建的系统发育树（不完全等同于物种树），表示基因分离的时间。 a b c d e f 基因分裂 基因分裂 基因分裂 物种分裂 系统发育树的种类 ——基因树、物种树 期望树： 一个用无限长的序列或每一分支的期望替代数构建的树 理论上： 假设所研究的序列无限 长，从中随机抽样进行 统计分析。 实际情况： 所研究的序列是短序列， 统计得到的替代数目存 在大量随机误差。 现实树： 建立在实际替代数基础上的树 重建树 构树方法 系统发育树的种类 ——期望树、现实树和重建树 构建系统发育树的数据 1、特征数据(character data)： 提供了基因、个体、群体或物种的信息 2、距离数据(distance data)或相似性数据(similarity data)： 涉及的则是成对基因、个体、群体或物种的信息。 ? 距离矩阵 距离数据可以由特征数据计算得到。 反之? 系统发育树的构建 构造系统发育树的主要方法 距离法 根据每对物种之间的距离直接计算得到。所生成的树的质量取决于距离尺度的质量 简约法 通过寻求物种间最小的变更数来完成的 似然法 通过标准的统计推断建立系统发育的概率模型 其它方法：神经网络方法、Hadamard结合法…… 构建系统发育树的主要过程 1、拓扑结构的判别（从大量的拓扑结构中搜寻、判别） 2、一个既定拓扑结构的分支长度的估计 最优原则 §6.3 生物进化理论与分子进化的讨论 1、进化理论概述 “一个半世纪以前，Charles Darwin可能没有意识到他所给予科学的是一件从未有过的强大武器，即他的进化理论。科学家用这把坚利之剑斩断了无知、迷信和傲慢，这些束缚人类对亿万年来的生命的了解的镣铐。” ——《美国自然博物馆成立125周年纪念专刊》前言 Charles Darwin (1809-1882) 分子进化与系统发育学 《老山发现大型西汉王陵墓》《北京晚报》 2000年03月18日 《老山汉墓考古发掘进入核心部分》《人民日报》?(2000年08月20日 Begin with a story… STORY 1: 墓主（西汉诸侯王后）尸骨，鉴定为女性，年龄约30岁，身高约1.60米 《老山汉墓走出西域美女 汉墓女主人头像复原记》 (北京青年报，2001年4月20日) ? ……此次头像复原品的作者纪元“在我国单个人体复原领域中是首屈一指的专家。他所在的单位———公安部物证鉴定中心也是目前我国人体复原最具权威的机构。” ……纪元介绍说：此次所采用的是颅骨面貌复原技术。这项技术已经有100多年的历史，其科学依据是人体头面部的解剖学规律，且在单体复原方面具有较高的精确度。世界上第一次运用它是为著名艺术家巴赫进行头像复原并取得了成功。目前