用PhyML构建系统发育树课件.pptVIP

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2019-09-23 发布于江苏
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用PhyML构建系统发育树课件.ppt

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用PhyML构建系统发育树;PhyML简介;PhyML 3.0: new algorithms, methods and utilities;PhyML可以在线使用了;PhyML分析序列步骤;一、输入的序列格式要求;二、PhyML中各项参数的设置及程序的运行;下面几步以张延明做的为参考，自己做时，先用jModelTest算出最佳替代模型，如GTR+I。; 数据输入;进入Menu ：Input Data界面;进入Menu ：Substitution model界面;根据modeltest3.7软件选择出的最佳模型，需要自己定制进化模型，键入M多次将选项改为custom;Custom详细设置说明;;键入K，设置进化模型，为自己定制的模型起名字;根据modeltest结果依次键入碱基替代模型;;这一步设置可变位点的比例。;这一步设置碱基替代的类别数，默认为4，最佳一般为6;根据modeltest3.7获得的最佳模型中的数据修改;Substitution model 最终设置好示意图;进入Menu：Tree Searching界面;是否优化树的结构，选Yes;进入Menu：Branch Support界面;对构建的系统发育树进行统计分析，也相当重要。 A：表示用本软件自已的3个方法对结果进行统计分析（速度较快，但应用不广）（不推荐用） B：bootstrap分析，应用最广，相当费时，但可以接受，一般设置为100次。;Menu：Branch Support选项设置完成;设置好后，输入Y，开始构建系统发育树。;系统发育树构建完成后文件夹内会多出以下文件。用TreeView软件打开trees文件查看系统发育树;我自己的运行结果文件如右图，说明见下：;Treeview软件中打开生成的树，如下：