结构生物信息学3-序列比对.ppt

* * * （红色箭头表示最优路径） * * * （红色箭头表示最优路径） * （红色箭头表示最优路径） * （红色箭头表示最优路径） * * * * 以两条氨基酸序列的比较为例介绍算法的基本思路，算法可以分为4步： * 以两条氨基酸序列的比较为例介绍算法的基本思路，算法可以分为4步： * 以两条氨基酸序列的比较为例介绍算法的基本思路，算法可以分为4步： * 以两条氨基酸序列的比较为例介绍算法的基本思路，算法可以分为4步： * 以两条氨基酸序列的比较为例介绍算法的基本思路，算法可以分为4步： * Fasta速度很快，但是由于是一种近似寻优算法，其缺陷是结果的最优性无法保证。 * Fasta速度很快，但是由于是一种近似寻优算法，其缺陷是结果的最优性无法保证。 * [Altschul, 1990, 1997]。 基本思想是：通过产生数量更少的但质量更好的增强点来提高速度。 * [Altschul, 1990, 1997]。 基本思想是：通过产生数量更少的但质量更好的增强点来提高速度。 * [Altschul, 1990, 1997]。 基本思想是：通过产生数量更少的但质量更好的增强点来提高速度。 * [Altschul, 1990, 1997]。 基本思想是：通过产生数量更少的但质量更好的增强点来提高速度。 * [Altschul, 1990, 1997]。 基本思想是：通过产生数量更少的但质量更好的增强点来提高速度。 * [Altschul, 1990, 1997]。 基本思想是：通过产生数量更少的但质量更好的增强点来提高速度。 * [Altschul, 1990, 1997]。 基本思想是：通过产生数量更少的但质量更好的增强点来提高速度。 * [Altschul, 1990, 1997]。 基本思想是：通过产生数量更少的但质量更好的增强点来提高速度。 * [Altschul, 1990, 1997]。 基本思想是：通过产生数量更少的但质量更好的增强点来提高速度。 * [Altschul, 1990, 1997]。 基本思想是：通过产生数量更少的但质量更好的增强点来提高速度。 * [Altschul, 1990, 1997]。 基本思想是：通过产生数量更少的但质量更好的增强点来提高速度。 * [Altschul, 1990, 1997]。 基本思想是：通过产生数量更少的但质量更好的增强点来提高速度。 * [Altschul, 1990, 1997]。 基本思想是：通过产生数量更少的但质量更好的增强点来提高速度。 * Met M 天冬氨酸 Tyr：酪氨酸 tyr Y * Met M 天冬氨酸 Tyr：酪氨酸 tyr Y * Met M 天冬氨酸 Tyr：酪氨酸 tyr Y * Met M 天冬氨酸 Tyr：酪氨酸 tyr Y * Met M 天冬氨酸 Tyr：酪氨酸 tyr Y * Met M 天冬氨酸 Tyr：酪氨酸 tyr Y * Met M 天冬氨酸 Tyr：酪氨酸 tyr Y * 天文数字 * * * * 水平位置在x方向插入空位 垂直方向在y轴方向插入空位 * 水平位置在x方向插入空位 垂直方向在y轴方向插入空位 * * * * * * （a）对人类（Homo sapiens）与黑猩猩（Pongo pygmaeus）的β球蛋白基因序列进行比较的完整点阵图 （b）利用滑动窗口对以上的两种球蛋白基因序列进行比较的点阵图，其中窗口大小为10个核苷酸， 　　 相似度阈值为8，即10个核苷酸中有8个相同时就打一个点 * * * * * * * 数据依赖，无关直接并行 * * * * * * * * * * * 空位罚分分为：空位开放罚分(Gap opening penalty)和空位扩展罚分(Gap extension penalty) * Met M 天冬氨酸 Tyr：酪氨酸 tyr Y * Met M 天冬氨酸 Tyr：酪氨酸 tyr Y * Met M 天冬氨酸 Tyr：酪氨酸 tyr Y * Met M 天冬氨酸 Tyr：酪氨酸 tyr Y * * * Met M 天冬氨酸 Tyr：酪氨酸 tyr Y * Met M 天冬氨酸 Tyr：酪氨酸 tyr Y * Met M 天冬氨酸 Tyr：酪氨酸 tyr Y * Met M 天冬氨酸 Tyr：酪氨酸 tyr Y * Met M 天冬氨酸 Tyr：酪氨酸 tyr Y * * Met M 天冬氨酸 Tyr：酪氨酸 tyr Y * Met M 天冬氨酸 Tyr：酪氨酸 tyr Y * Met M 天冬氨酸 Tyr：酪氨酸 tyr Y * Met M 天冬氨酸 Tyr：酪氨酸 tyr Y * Met M 天冬氨酸 Tyr：酪氨酸 tyr Y