Gaussview软件使用手册.docVIP

Gaussview软件使用手册 GaussView是一个被设计来帮助准备输入进入高斯软件的文档以及以图形的形式来检验高斯软件完成并输出的结果的图形化的用户界面。GaussView是不在高斯软件的计算模块中，而是以前端/后端的模式来协助高斯软件的运行。GaussView为高斯用户提供了三种主要的便利。 首先，通过它先进的可视化工具，GaussView使得用户可以很快的做出大分子的结构图甚至是很大的分子，然后旋转，在这些分子的基础上经过简单的搜寻操作来编译和放大。它同样可以载入例如PDB类型的标准的分子结构文档。 第二，GaussView使得建立多种形式的高斯计算变得容易。它使得准备为普通工作模式以及如ONIOM，QST2/OST3转变结构优化方法，CASSCF计算方法，周期边缘状态计算方法（PBC）以及其他的许多前沿方法的复杂的载入更加简单。如果高斯软件被安装在了同一台电脑上的话，用户同样可以使用GaussView来进行工作。 最后，GaussView使得用户可以通过多种的图形技巧来检验高斯计算的结果。高斯的计算结果中可以用图形来表示的有下列几种： 经过优化的分子结构； 分子轨道 任何估算密度的电子密度表面； 静电潜在表面； 原子价； 与振动频率相符的一般模型； IR,Raman,NMR,VCD以及其他的频谱； 结构优化，IRC反应途径的后续，能级表面的扫描以及ADMP和BOMD轨道的模拟； 整体能量的小部分以及其他来自于相同工作类型的数据； 这本书为所有的GaussView结构提供了一个参考。该软件的每一个程序的结构都被详细记录。将项目按照一般目的分类。在每一个分类中，项目是按照逻辑结构来排列的，开始于最简单的项目，然后是引用最广泛的项目，最后是更加复杂和不经常使用的项目。为了找出用户感兴趣的特殊信息，可以通过索引来打开有关主题或者是特殊的对话框。颜色收集以及对话在索引中的主题菜单下（下面直接中英语）显示了出来。菜单项目通过菜单=项目的格式显示出来。按钮在索引中显示为“名称按钮”。如下图（从图1开始）显示了一系列的按钮名称，菜单途径—等价于按钮和键盘的快捷键。 在多种GaussView结构的基于指导的帮助包含在了网上帮助中。在主帮助窗口中选择指导主题来打开他们。 GaussView指导 基础分子创建 分子创建的例子和策略 下面举例说明怎样利用GaussView来创建分子。 创建维生素分子：利用不典型的原子 下面是一个使用GaussView创建维生素分子的例子： 在View窗口中的File菜单中选择New的选项来创建一个新的文件； 在Builder窗口中选择好Rings； 在Active Fragment button上面点击。在环碎片中选择苯。 返回到View窗口。点击一下演示苯。 在Builder窗口中点击Element选项，在氮上点击。 点击Active Fragment，点击氮原子。 在View窗口中，点击你想变成氮的碳原子。注意：不要选择杂交原子中的一个，通常选择不典型的原子更加容易。 在创建窗口中点击Delete Atom键。 在View窗口上，通过点击该键删除与氮相连的氢。 在Builder窗口上点击Rebond按钮，然后点击Clean按钮。注意：通常在清除前应该重新成键。 维生素现在已经完成了。 创建芳环维生素：在环之间设置角度 下面的例子展示了怎样在已存在的文件上创建芳环维生素。在这个例子中，以维生素为基础来创建。 你可以接着上述例子来做，创建维生素； 在Builder窗口上点击Rings按钮。确保芳环已经被选中； 在View窗口上点击氮原子对面碳原子上的氢原子。另一个环就在屏幕上显示了出来； 在Builder窗口上选择Dihedral按钮。确保Move Group被标记； 选择两环之间的原子，如下所示： 更改角度 移动光标来是的各环所处的平面相互垂直（或者是在文本框中输入90.0）； 点击Ok按钮； 芳环维生素现在完成了。 创建五价铁原子：在指定的项目上选择最好的构型 下面是创建五价铁原子的一个例子 打开一个新的模型。选择铁分子然后选择双锥形的铁的构型： 选择线形的C-N构型然后将该基团连接在铁原子上。须注意的是我们选择这种构型而不是选择一种C-O基团是因为其是线形的。 将氮原子转换成氧原子（选择氧元素之后再是自由电子模板）。 现在分子已经完成了。 创建初级紫染：悬挂结构 下面是一个展示怎样在GaussView上面创建一个初级紫染的6，6’-dibromoindigo： 创创建一个新文件； 在Builder窗口上选择互联的5和6元碳环（在左侧中的插图中），然后再View窗口上点击来放置一个片段； 在五元环中，点击合适的氧原子来将其换成氢原子； 将与氧原子相对的碳原子改变成氮原子；