合成生物元件 装置和生物模块.ppt

* 转录衰减是受转录终止子的顺式作用的RNA元件调节的。 * 基因由外显子和内含子组成。 * 核酶插入在靶转录物的3’UTR可有效地下调真核生物的基因表达，插入在5’UTR区可能产生基因表达的非专一性抑制。 * * 除了帮助清除细胞内不再需要的RNA，RNase同时也参与了所有RNA分子的成熟过程，其中既包含了携带遗传物质用于指导蛋白质合成的信使RNA，也包含了细胞内功能多样的各种非编码RNA。 * * * 应用筛选和合理设计途径，设计和构建由不同元件组合的各种RNA装置。 * 调节器 * 抑制Dicer分裂shRNA序列。 * 将信息传递功能引入传感器和调节器元件偶联之中，使RNA装置有更大的灵活性。 * 通过链节序列把适体与翻译起始元件连接起来行使信息传递功能。链节长度是变动的。 该装置经由链取代机制调整核糖体对RBS的可及性而起作用。 * 这种骨架结构使装置更有效、更可靠。 单一输入单一输出RNA装置。 传递器由偶联传感器和调节器元件的序列构成。 * 典型的核开关由两个不同的结构域组成。 * * 合成RNA元件和装置整合到遗传线路之中，可以表现出预期的功能，这为合成RNA元件和装置的应用奠定了基础。 * * 一个功能基因是由一个启动子、一个翻译起始位点、编码蛋白质的ORF、一个终止子及其他元件如上游和下游调节元件、内含子和RNA折叠基序组成。 * 组成型启动子：不需要诱导剂就可以启动下游基因持续表达，可以降低生产成本； 诱导型启动子：需要定时、定量表达，但只能宏观调控基因表达，要么全部开启，要么全部关闭。 * * * DNA夹子（clip） 每个循环产生惰性双链的副产品 关键特征 链置换至少释放一个单链核酸产物 在DNA链置换级联反应（cascade reaction）中，输出可作为下游反应的输入。 小结 基本概念 合成蛋白质元件和装置 合成RNA元件和装置 合成DNA元件和装置 △※ ※ △※ △※ 课后习题 从iGEM Registry中查找感兴趣的生物元件，考虑可以合成哪些装置。 合成生物学的基石是合成新的DNA序列。 生命世界的复杂度源自生物分子成分的等级组织，以及它们之间的相互作用层次。 * 就像技术人员现在用标准化、现成的电子元件组装成计算机一样 * 各种特定功能的元件确定的逻辑和物理连接构成装置；各种特定功能的装置协同运作构成系统；各种特定功能的系统互相通讯，协调运作构成多细胞或细胞群体系统。 * * 使合成生物学家可以像建筑工程师建筑房屋那样搭建生物装置、系统和生命体。 * 当整合到系统中，它的行为必须是可预测的。 必须有相对独立的子功能，所有子功能的集合构成系统的功能。 同现有系统产生最小的相互作用，以防止各元件以不希望或至少未控制的方式彼此影响。 * * 终止密码子UGA编码有机体半胱氨酸 Ser:丝氨酸 SelA：硒代半胱氨酸合酶 Sec:硒代半胱氨酸 SECIS：与UGA密码子相邻，可以校正UGA，共翻译掺入的有机体半胱氨酸 EF-Tu：延伸因子，帮助共翻译插入 * 由于具有这样高专一性底物的酶，所以mRNA的遗传信息能准确无误地反映在蛋白质的氨基酸序列上。 * 应用流式细胞仪（Fluorescence Activated Cell Sorter，FACS）作为筛选方法在绿色荧光蛋白质（green fluorescent protein，GFP）上进行。 * 基序广布于蛋白质分子之中。基序编程是设计和构建新蛋白质元件的一种重要途径。 生物系统中基序可能是各种生物活性形成的动力。 * 设计的微基因编码各种翻译框架中的基序。 由于接合干扰，同单一微基因聚合物翻译呈现多样性。 * * * 诱导凋亡 BH4抗凋亡 * * CL：竞争配体 * 设计的RBP受体结合非生物配体TNT，通过同转膜组氨酸激酶Trz相互作用启动信号转导作用。 形成转录调节子OmpR自动磷酸化，磷酸化的OmpR活化LacZ报告基因的表达。 * 蛋白质相互作用装置经由瞬间相互作用产生或破坏进行互通。 * 根据输入和输出，可以分为三类。 * 激酶活化只通过部分占有支架的簇。 * 研究表明，RNA是生命化学的起源。 RNA的序列结构和功能之间的关系是相对可及和可预测的，使RNA成为合成生物学强有力和设计元件。 * * RNA传感温度是通过依赖温度的杂交相互作用实现。 * * 茶碱适体 茶碱是甲基嘌呤类药物。具有强心、利尿、扩张冠状动脉、松弛支气管平滑肌和兴奋中枢神经系统等作用。主要用于治疗支气管哮喘、肺气肿、支气管炎、心脏性呼吸困难。 茶碱 将调节器的一部分用传感器取代。 适体取代基因内含子中的一个茎 （2）不同信息传递功能整合的RNA装置 通过传递器元件把传感器和调节器连接起来。 通过传递器元件二级结构改变传递传感器和调节器之