8-利用互联网和计算机辅助基因分析鉴定细菌.ppt

* * 实验9：利用互联网和计算机辅助基因分析鉴定细菌 1.实验器材 计算机和联网辅助设施，安装有Internet Explorer浏览器， 软件：Clustalx1.8；Mega2.1（Molecular Evolutionary Genetics Analysis） 2.实验目的 学习并掌握16S rRNA序列进行细菌鉴定的基本原理和方法。 学习并掌握利用Clustalx1.8和Mega2.1两款软件建构基于16S rRNA的系统发育树。 3.基本原理 细菌的鉴定、分类经典方法包括形态观察、染色、生理生化反应和多项微量简易检测技术等，而现在DNA检测技术和生物信息学为细菌鉴定提供了新的方法。基本原理是亲缘关系越近的种类，其DNA序列相似度越高，一般选择所有生物都有的基因来进行对比，使用得最为普遍的是编码核糖体小亚基16S rRNA的DNA序列。 目前，核糖体RNA基因序列已被广泛用于原核、真核生物多样性研究，构建系统进化树，这是由于使用rRNA具有以下几个优点：首先，所有真核与原核生物都含有核糖体和核糖体RNA，亲缘关系较近的两种生物之间的rRNA碱基序列差异小于两种亲缘关系较远的rRNA碱基序列差异；它们的生理功能既重要又恒定；在细胞中含量较高，便于提取；其次，RNA基因高度保守，变异相对较少，适宜作为分类参考基因；最后，rRNA分子