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蛋白质与酶工程 　　　　　　 第二章 蛋白质分子设计 第一节:蛋白质分子设计原理 第二节:基于蛋白质天然结构的分子设计 第三节:全新蛋白质分子设计 蛋白质分子设计 蛋白质分子设计就是为有目的的蛋白质工程改造提供设计方案，属于交叉学科。 设计过程主要依赖于蛋白质结构的测定和分子模型的建立，按照蛋白质结构功能的关系，综合运用各学科的技术手段，确保获得比天然蛋白质性能更加优越的新型蛋白质。 是蛋白质工程的一个重要方面。 蛋白质分子设计 基本途径： 从预期的蛋白质功能出发→ 设计预期的蛋白质结构→ 推测应有的氨基酸序列→ 找到相对应的核糖核苷酸序列（RNA）→ 找到相对应的脱氧核糖核苷酸序列（DNA） 第一节 蛋白质分子设计原理 一、蛋白质分子设计的分类 蛋白质设计的目的： 1、为蛋白质工程改造提供设计方案和指导性信息。如提高蛋白质的热，酸稳定性等 2、探索蛋白质的折叠机理。如简单蛋白质建筑或骨架的从头设计是研究蛋白质相互作用的类型及本质的很好途径，为解决蛋白质折叠问题寻找定性和定量的规律。 一、蛋白质分子设计的分类（一）蛋白质分子设计的层次 可分为两个层次 在蛋白质三维结构已知基础上所进行的直接将立体结构信息与蛋白质的功能相关联的高层次的设计工作 在未知立体结构的情形下借助于一级结构的序列信息及生物化学性质所进行的分子设计工作 一、蛋白质分子设计的分类 （二）蛋白质分子设计分类 按照改造部位的多寡分为三类： 第一类为“小改”，可通过定位突变或化学修饰来实现；在已知结构的天然蛋白质分子多肽链内的确定位置上，进行一个或少数几个氨基酸残基的改变，以研究和改善蛋白质的性质和功能。 主要是置换，删除或插入氨基酸，依赖基因水平。 （二）蛋白质分子设计分类 第二类为“中改”，对来源于不同蛋白的结构域进行拼接组装；以期望能转移相应的功能，获得具有新特点的蛋白质分子。又称分子剪裁。 第三类为“大改”，即完全从头设计全新的蛋白质，使之具有特定的空间结构和预期的功能。 二、蛋白质分子设计的基础 蛋白质序列，蛋白质结构与功能及结构与功能关系之间的信息对于蛋白质工程及蛋白质设计都非常重要。蛋白质结构与功能是开展蛋白质分子设计的基础，对蛋白质结构与功能之间的认识对蛋白质分子设计是至关重要的决定着蛋白质分子设计的成功与否。具体包括： 1、蛋白质生物功能的多样性 2、蛋白质功能由其高级结构决定 3、蛋白质的一级结构与其构象及功能的关系 4、蛋白质空间构象与功能活性的关系 5、结构生物学与生物信息学促进蛋白质分子设计 总结 1.一种基因可编码产生多种蛋白质，一种蛋白质可以产生多种活性多肽，一种活性多肽可以产生多种功能 2.蛋白质的功能与高级结构相联系，生物学活性和理化性质主要决定于空间结构的完整性。 3.一级结构决定了它的二级，三级结构，如果一级不破坏，就能恢复到原来的三级结构 一级相似的蛋白质，其基本构象及功能也相似 4.别构效应：在生物体内，当某种物质特异地与蛋白质分子的某个部位结合，触发该蛋白质的构象发生一定变化，从而导致其功能活性的变化。 二、蛋白质分子设计的基础 以肌红蛋白和血红蛋白为例阐述蛋白质空间结构与功能的关系 1.肌红蛋白由一条153个氨基酸组成的肽链和一个血红素辅基组成。分子量为17800 肌红蛋白的三级结构是由一簇八个a-螺旋组成的，螺旋之间通过一些片段连接。 抹香鲸肌红蛋白（Myoglobin）的三级结构 02与肌红蛋白的结合 卟啉铁和F8（93）His（近侧）的咪唑N结合。底6的配位键和O2 结合。 O2 和四吡咯环呈60度倾斜。 高铁肌红蛋白中水代替O2填充该部位。 氧结合是一个空间位阻区域 E7 His（远侧）的咪唑环与Fe原子的距离远，不发生作用，但与分子O2 能紧密接触，被结合的O2在His（近侧）的咪唑N和Fe原子之间。 血红蛋白的结构 血红蛋白有两种链，4个亚基组成 人在不同发育阶段血红蛋白亚基的种类是不相同。 血红蛋白的三维结构 图 血红蛋白中亚基的排列 A 正面观 B 侧面观 图 血红蛋白α链和β链和肌红蛋白构象的相似性 氧合血红蛋白显著改变Hb的四级结构 图 血红蛋白半分子（αβ二聚体的侧面观） 作为动态构象分子，血红蛋白可以看作是αβ-二聚体的二聚体，也可以看作是相同的二聚体半分子组成：α1β1-亚基和α2β2-亚基对。每个αβ-二聚体作为钢体移动。当血红素基氧合时，分子的两个二聚体半分子彼此滑动。如果一个αβ-二聚体固定不动，则另一个αβ-二聚体将绕一个设想的αβ-二聚体的偏心枢轴旋转约15°并平移0.08nm。 氧合血红蛋白和去氧血红蛋白代表不同的构象态 （1）T态（紧张态） 和氧的亲和力低，是氧合