B细胞表位数据库与预测方法.docVIP

 B 细胞表位数据库与预测方法# 章文，吴伟坚* （武汉大学计算机学院，武汉，430072） 5 10 15 20 25 30 摘要：B 细胞表位是在抗原抗体的结合反应中抗原参与结合的部位，确定 B 细胞表位对于 设计疫苗和药物具有重要的指导作用。随着数据挖掘技术的发展和表位数据库的建立，挖掘 已有的结构和序列数据预测 B 细胞表位成为一种可能，从而产生了很多计算预测方法。论 文介绍了常用的 B 细胞表位相关数据库和预测方法。数据库方面，介绍了数据来源和数据 类型。预测方法方面，主要介绍基本原理。希望能够给相关研究者提供借鉴，更好的开展相 关工作。 关键词：计算机应用技术；B 细胞表位；线性表位；构象表位；机器学习 中图分类号：TP181 The databases and computational methods for B-cell epitopes ZHANG Wen, WU Weijian (School of Computer,Wuhan University,430072) Abstract: B-cell epitope is part of the antigen involved in the antigen-antibody interaction, and determination of epitopes is critical for the drug and vaccine design. With the development of data mining technique and establishment of databases, it becomes possible to predict epitopes based on the sequences or structures, and a great number of computational methods are proposed. The paper reviews the state-of-the-art B-cell databases and prediction methods. The data sources are introduced; the principles of computational methods are analyzed. This paper is aimed to help the researchers to take the related studies. Key words: Technology of Computer Application; B-cell epitope; linear epitope; conformational epitope; machine learning 0 引言 B 细胞是在人体免疫系统起到关键作用的淋巴细胞, 具有三种主要的功能： 制造抗体对抗抗原、扮演抗原呈递细胞的角色、激活以后形成记忆 B 细胞。B 细 胞免疫的过程也可分为抗原识别，B 细胞活化、增殖与分化，合成分泌抗体并发 挥效应三个阶段。在抗原抗体的结合反应中，抗原参与结合的部位称为 B 细胞 抗原决定簇或者表位  [1]  。从空间结构上看，B 细胞表位可分为线性表位（也称 连续表位）和构象表位（也称不连续表位）。线性表位由肽链上连续的氨基酸组 35  成；构象性表位由空间结构上接近但肽链上不连续的氨基酸组成; 已知的绝大部 分表位都属于构象表位。Rubinstein 等研究从 PDB 数据库筛选的抗原抗体复合 物，总结了 B 细胞表位生化、结构特点[2]：(1) 75%的表位是由跨越 600? ~1000? 基金项目：教育部博士点基金(20100141120049) 作者简介：章文（1981-），男，副教授，主要研究方法：机器学习，生物信息学. zhangwen@ -1-  面积的 15~25 个氨基酸组成；(2)平均 90% 的表位残基是与抗体的互补决定区 (CDR)的残基相互作用；(3)表位和非表位区的氨基酸组成有很大的不同；(4)环状 40  结构利于抗体的结合，因此表位多含有环状结构，而螺旋和折叠结构比较少见。 表位是蛋白质抗原性的基础，确定 B 细胞表位对于设计疫苗和药物具有重 要的指导作用  [3] 方法。但是这些方法比较繁琐，工作量也非常大。随着计算机技术的发展和生物 信息数据库的日益扩大，从已有数据中总结抗原表位的序列及结构特征，并通过 45  计算手段对可能的表位进行预测，然后结合实验手段予以验证成为另外一条可能 的技术路线。 1 B 细胞表位数据库 数据是 B 细胞表位分析与预测的基础。研究者们通过收集和整理已有的研 究成果，开