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聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR产物
1 6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳的制备
大板的制备:用清水将玻璃板反复冲洗干净,晾干,用无屑纸蘸70%酒精擦洗、自然晾干。将大板铺平,倒上binding混合液(9μLbinding、9uL醋酸、1.9mL无水乙醇),用无屑纸擦匀,晾干。两边放上边条,对齐。
耳朵板的制备:用清水将耳板反复冲洗干净,晾干,放入通风厨,用无屑纸蘸70%酒精擦干净。用少量的repel轻轻擦涂,待干,取出后将涂repel的一面向下,放在大板上,下端对齐,用夹子夹紧,用水平仪校准,使玻璃板平整。
灌胶:将聚丙烯酰胺凝胶装入灌胶瓶,加入APS,TEMED,摇匀。将灌胶瓶对准灌胶口,用均匀的力量挤压灌胶瓶,边灌胶边轻轻拍打玻璃板,使胶平整的向前流动,防止出现气泡。灌胶结束,检察灌胶口处是否有气泡,若有可用梳齿钩出。
插梳子:在灌胶口处加一些胶,防止插梳子时出现气泡。梳齿朝外从一段开始缓慢插入梳子,用夹子夹好,等待凝胶聚合。
聚丙烯酰胺凝胶电泳的试剂及配方如表所示:
聚丙烯酸胺凝胶电泳所需试剂及配方
药品
成分
配置方法
Loading Buffer
甲酰胺,49 mL
EDTA(20mmol/L,PH8.0),1 mL
溴酚蓝,0.125g
二甲苯蓝,0.125g
加水定容至50mL
10×TBE
Tris,108.00g
硼酸,55.00g
EDTA,7.43g
加水定容至1000mL
6%的PA胶
丙稀酰胺,114.00g
甲叉,6.00g
10×TBE,100 mL
尿素,840.84g
加水定容至2000 mL,溶解后过滤。
APS溶液
过硫酸铵,5.0g
加水定容至50 mL。
2%Repel溶液
Repel,10.0 mL
氯仿,490 mL
将Repel加入到氯仿中,混匀。
上槽液(0.33×TBE)
10×TBE,30.0 mL
加水定容至900 mL
下槽液(1×TBE)
10×TBE,100 mL
加水定容至1000 mL
AgNO3溶液
硝酸银晶体,100.
加水定容至100 mL
2 电泳
(1)准备工作
胶凝好后,取下夹子,拔掉梳子,将灌胶口和上下玻璃板面擦干净,用水冲洗净,将梳子洗净,备用。
将下槽液倒入电泳槽内,将玻璃板放入电泳槽内,灌胶口朝上。用电泳槽两侧的夹板固定玻璃板,拧螺丝,螺丝的松紧度要适当,以防漏液或散热不良引起炸板。向电泳槽和玻璃板之间的空隙加入上槽液,检查是否漏液,漏液则需重新拧螺丝。
用吸管吹去灌胶口上方的凝胶残留物,防止样品被阻挡而不能进入点样孔。
(2)预电泳
在灌胶口内隔一定距离点少量Loading Buffer,打开电源,设置恒压2000V,开始预电泳。预电泳主要有两方面的作用,一是将胶内的杂质清除干净,有利于电泳的快速进行;二是通过Loading Buffer的两条带(二甲苯蓝和溴酚蓝)指示DNA样品电泳的程度。
预电泳进行约30mins,暂停电泳仪,准备电泳。
(3)电泳
将梳齿向下插入梳子,梳齿不宜插入过深或过浅,防止胶面变形或样品串到其他点样孔。用记号笔在玻璃板上按梳齿做好记号,方便点样。
吸取3~4μL PCR产物,快速加入点样孔,点完样后打开电泳仪,2000V恒压电泳。电泳过程中应监测玻璃板温度,如温度过高应及时更换上槽液或将电压调小,以降低温度,防止炸板。
根据PCR扩增产物的片段大小和Loading Buffer的位置估算电泳时间,防止样品间区分不开或样品跑出胶外。电泳结束后卸下玻璃板,将玻璃板冲洗干净,准备银染。
3 银染和显影:
固定与银染:将电泳后的胶放入银染液(0.2%的AgNO3、0.5%的冰醋酸)中缓慢平行摇动10min。
水洗:用蒸馏水水洗数秒钟。
显影:把水洗后的胶放入显影液(1.0%的NaOH、0.4%的甲醛)中,缓慢平行摇动,直至出现清晰的带型为止。显影后的胶放在灯箱上,用数码相机拍照。
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