高分辨数字人体三维结构数据集的构建与可视化.docVIP

2008年 第53卷 第10期: 1189 ~ 1195 1189 《中国科学》杂志社 SCIENCE IN CHINA PRESS 论 文 高分辨数字人体三维结构数据集的构建与可视化 李安安①, 刘谦①*, 曾绍群①, 唐雷②, 钟世镇②, 骆清铭① ① 华中科技大学生物医学光子学教育部重点实验室, 武汉光电国家实验室(筹, 武汉 430074; ② 南方医科大学解剖学教研室, 广州 510515 * 联系人, E-mail: qianliu@ 2007-12-19收稿, 2008-04-06接受 国家高技术研究发展计划(批准号: 2006AA02Z343资助项目 摘要 中国数字人研究是将人体解剖结构数字化和可视化, 建立具有组织形态、物理功能和生理功能的人体信息系统. 在获取的中国数字人体断层切削照片的基础上, 本研究对中国数字人体断层切削照片进行了预处理, 完成了中国男性数字人体生理系统主要器官和组织的分割、标识和命名; 用高性能计算集群, 对海量的分割数据进行并行快速三维结构重建, 构建了国际上分辨率最高的人体三维解剖结构数据集(体素0.1 mm × 0.1 mm × 0.2 mm; 在三维结构数据集的基础上, 开发了二维断层图像和三维结构可视化软件; 建立中国数字人体网站(进行数据集的共享、发布和推广. 该数据集是国家信息数据库和医学基础建设的重要组成部分. 关键词 中国数字人 解剖图谱 海量数据处理 三维建模 可视化 数字人研究是将人体解剖结构数字化和可视化, 建立人体组织形态、物理功能和生理功能的人体信息系统. 它是多学科交叉产生的前沿性课题, 近年来得到了国内外学者的广泛关注. 该研究源于1989年由美国国立医学图书馆发起的“可视人计划”(Visible Human Project, VHP[1]. 该计划于1994年成功获取一例西方男性解剖结构数据集, 1995年发布了西方女性解剖结构数据集. 2000年韩国开始了可视人研究的5年计划(Visible Korean Human, VKH, 并于次年获取了第一例可视韩国人数据[2]. 目前, VHP 数据集已成为最流行的人体断层解剖数据集, 以VHP 数据集为基础, 全世界的科研工作者在图像处理、三维建模、可视化软件开发、物理模拟等很多领域取得了重大成果[3~5]. 2001年11月以“中国数字化虚拟人体的科技问题”为主题的香山科学会议第174次学术讨论会[6]在北京香山召开. 会议提出了我国数字化虚拟人体研究的规划和建议, 揭开了我国数字化虚拟人体研究的序幕. 目前, 南方医科大学和第三军医大学都已获取高分辨的二维断层切削图像 [7~9] , 基于上述二维图 像, 不同的研究机构进行了部分器官和组织的三维结构重建. 构建完整人体组织器官的三维结构数据集是数字人体应用的基础, 这些应用涉及医学、工业设计、航天和科教等诸多领域, 能够有效地提高工作效率, 降低成本, 统一人体模型标准, 避免人体标本使用中的伦理道德问题等. 其中, 在与人类身体关系密切的医学领域, 数字人三维结构数据集的应用最为广泛, 包括新治疗方法研究、手术导航、虚拟手术、临床诊断、核辐射评估与放射治疗、医学教育等. 本研究对中国数字人体男性主要器官和组织高分辨率三维解剖结构数据集的构建和三维可视化等技术进行了研究, 构建了世界上分辨率最高的人体三维解剖结构数据集. 1 材料来源 本研究所处理的原始数据来自中国数字人男性2号(Chinese digital human No. 2, CDH M2人体断层切片数据集[7]. 该数据集于2005年3月获得, 是目前世界上分辨率最高的人体断层切片数据集(表1. 2008年5月 第53卷 第10期 1190 表1 3种数字人原始数据集的对比 VHP VKH CDH M2 层间距/mm 1 0.2 0.2 总片数 1878 8590 9320(8952 层内像素数目 2048×1216 3040× 2008 4080×5440 色深(Bit 胶片(彩色 24(彩色 24(彩色 CDH M2源自无物理损伤的男性捐献遗体, 通过冰冻断层铣削成像方式获得9320张断层切片图像. 单张图像大小为4080×5440像素, 采用24位彩色深度. RAW(原始图像数据存储格式格式下的数据总量达到了260 GB (Giga Byte, Giga 为109, Byte 为字节, 总的空间分辨率约为0.1 mm ×0.1 mm ×0.2 mm. 2 方法 本研究从RAW 原始数据出发, 对数字人三维解剖结构数据集的构建和三维可视化进行了研究, 整体研究步骤见图 1. 图像处理是研究的开始, 涉及图像配准、图像压缩、图像分割等方面(图2. 三维重建 是第二步, 它也