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基因组学的研究内容 结构基因组学： 基因定位；基因组作图；测定核苷酸序列 功能基因组学：又称后基因组学（postgenomics基因的识别、鉴定、克隆； 基因结构、功能及其相互关系；基因表达调控的研究 蛋白质组学： 鉴定蛋白质的产生过程、结构、功能和相互作用方式 遗传图谱 （genetic map）采用遗传分析的方法将基因或其它dNA序列标定在染色体上构建连锁图。 遗传标记： 有可以识别的标记，才能确定目标的方位及彼此之间的相对位置。 构建遗传图谱 就是寻找基因组不同位置上的特征标记。包括： 形态标记； 细胞学标记； 生化标记；DNA 分子标记 所有的标记都必须具有多态性！所有多态性都是基因突变的结果！ 形态标记： 形态性状：株高、颜色、白化症等，又称表型标记。 数量少，很多突变是致死的，受环境、生育期等因素的影响 控制性状的其实是基因，所以形态标记实质上就是基因标记。 细胞学标记 明确显示遗传多态性的染色体结构特征和数量特征 ：染色体的核型、染色体的带型、染色 体的结构变异、染色体的数目变异。优点：不受环境影响。缺点：数量少、费力、费时、对 生物体的生长发育不利 生化标记 又称蛋白质标记 就是利用蛋白质的多态性作为遗传标记。 如：同工酶、贮藏蛋白 优点： 数量较多，受环境影响小 ? 缺点： 受发育时间的影响、有组织特异性、只反映基因编码区的信息 DNA 分子标记： 简称分子标记以 DNA 序列的多态性作为遗传标记 优点： ? 不受时间和环境的限制 ? 遍布整个基因组，数量无限 ? 不影响性状表达 ? 自然存在的变异丰富，多态性好 ? 共显性，能鉴别纯合体和杂合体 限制性片段长度多态性（ restriction fragment length polymorphism ， RFLP ） DNA 序列能或不能被某一酶酶切， 相当于一对等位基因的差异。 如有两个 DNA 分子 （一对 染色体） ，一个具有某一种酶的酶切位点，而另一个没有这个位点，酶切后形成的 DNA 片段 长度就有差异，即多态性。可将 RFLP 作为标记，定位在基因组中某一位置上。 微卫星 （ microsatellite ） 标记： 微卫星又称为简单重复序列 （ simple sequence repeat ， SSR ） 。 这种重复序列的重复单位很短，常常只有 2 个、 3 个或 4 个核苷酸。如一条染色体 TCTGAGAGAGACGC 另一染色体 TCTGAGAGAGAGAGAGAGACGC ，就构成了多态性。 遗传图谱的构建方法 理论基础 : 连锁与交换 基本方法 : 两点测验法和三点测验法 植物遗传图谱的构建： 选择研究材料（亲本） 、构建分离群体、遗传标记检测、 标记间的连锁分析 选择亲本 要求亲缘关系远， 遗传差异大。 但又不能相差太大以导致引起子代不育。 对备选材料进行 多态 ( 差异 ) 性检测，综合测定结果，选择有一定量多态性的一对或几对材料作为遗传作图亲 本。 构建作图群体 遗传标记的染色体定位： 利用遗传学方法或其它方法将少数标记锚定在染色体上， 作为确定 连锁群的参照系。 常用的方法： 单体分析、三体分析、代换系分析、附加系分析 标记间的连锁分析： 利用在两个亲本间有多态性的标记分析分离群体中所有个体的基因型、 根据连锁交换的情况，确定标记之间的连锁关系和遗传距离、有计算机软件可以应用 物理图谱的构建： 用分子生物学方法直接检测 DNA 标记在染色体上的实际位置绘制成的图 谱称为物理图谱。 有遗传图谱为什么还要构建物理图谱？ ? 分别率有限 ; 人类只能研究少数减数分裂事件，不能获得大量子代个体 ; 测序要求每 个标记的间隔小于 100kb, 实际是 599kb ；精确性不够、经典遗传学认为，交换是随 机发生的、基因组中有些区域是重组热点；倒位、重复等染色体结构变异会限制交 换重组 物理作图的方法 1 、限制酶作图 2 、依靠克隆的基因组作图 3 、荧光原位杂交 4 、序列标签位点作图 遗传图与物理图的整合 有些标记既是遗传标记，又是物理标记。 RFLP 标记 SSR 标记 某些基因序列借助这些标 记可以将遗传图和物理图整合起来。 基因组测序策略： 有了高密度的基因组图谱， 就可以开始全基因组测序了。 测序的技术飞速 发展，现在可以全自动化 。测序的策略有两个：