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- 2019-10-14 发布于陕西
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利用SeqMan进行序列拼接
简介
DNAStar是分子生物实验室常用的序列分析软件。 该软件由EditSeq, MegAlign,GeneQuest, MapDraw, PrimerSelect, Protean, SeqMan七个模块组成,功能主要有:序列的格式转换,序列拼接和重叠克隆群的处理;基因寻找;蛋白质结构域的查找;多重序列的比较和两两序列比较;寡核苷酸设计(PCR引物,测序引物,探针)。
SeqMan
SeqMan主要用于多序列的拼接,可以将成千上万的序列(最多可以支持64000多序列)装配成contigs,同时在拼接前,可以修整质量差的序列以及清除自动测序的序列结果中的污染序列或载体序列。seqman还提供完善的编辑和输出功能。
Step1:打开Seqman软件
点击Add sequences
查找并选中要拼接的序列
点击Add按钮填加
填加完后点击done
注:最好用测序的图谱(*.abi)尽量不要直接用测序得到的序列(.seq)
Step2:加入你要拼接的序列
Step3:进行序列拼接
点击Assemble按钮
1
2
点击拼接好的contig1
Step3:进行序列拼接
Alignment of contig1 窗口中点击 左三角显示序列的测序图谱
测序准确的峰形图
峰形规则,一般在序列的中部,如下图所示
测序不准确的峰形图
峰形较乱,很难判断是哪个碱基,一
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