第6讲 序列分析实例.docVIP

PAGE PAGE 39 对一条新的基因序列进行生物信息学的分析 前言 对从真菌Ａ．tabescens中克隆出一个基因的全长cDNA进行生物信息的分析，预测这个未知cDNA的功能． 目前因特网上有许多生物学信息库，采用不同的算法，对生物学数据进行从序列水平到结构层次，进而到功能的多种分析。本章的分析主要利用这些数据库和相关软件完成。 材料和仪器 （1）生物技术实验室从一株产?-甘露聚糖酶的新菌种A.tabescens EJLY2098克隆出一个全长cDNA（命名为man） （2）可以连接国际互联网的计算机 核酸序列的基本分析 运用DNAMAN软件分析核酸序列的分子质量、碱基组成和碱基分布。同时运用BioEdit（版本）软件对man做酶切谱分析。 碱基同源性分析 运用NCBI信息库的BLAST程序对man进行碱基同源性分析(Translated query tien database(blastx)) 网站如下： /BLAST/ 参数选择：Translated query-protein database [blastx]； nr;stander1 开放性阅读框（ORF）分析 利用NCBI的ORF Finder程序对man做开放性阅读框分析，网址如下： /projects/gorf/orfig.cgi 参数选择：Gen