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茶树EST资源中SSR的信息分析 第22卷第4期 2006年7月 科技通报 BULI兀N0FSCIENCEANDTECHN0L0GY V01.22No.4 July2006 茶树EST资源中SSR的信息分析 金基强,李素芳,龚晓春,卢美贞,姚艳玲,忻雅,崔海瑞 (1.浙江大学原子核农业科学研究所,杭州310029;2.中国计量学院生命科学学院,杭州310018) 摘要:从NCBI公共数据库下载获得1989条茶树EST,去除其中的低质量的和冗余的序列,得到全 长为734.54kb的1589条无冗余EST.共在这些序列中发掘出了281个EST.SSR.分布于246条EST 中,出现频率是17.68%.这些EST-SSR的平均长度为33.06bp,平均分布频率是1/2.61kb.茶树EST. SSR中,二核苷酸重复是主要的重复类型,出现最多的重复基元类型是AG/CT重复.本研究为茶树 EST.SSR标记的建立和进一步应用奠定了基础. 关键词:茶树;EST.SSR;频率;特性 中I~t/ff类号:Q74文献标识码:A文章编号:1001—7119(2006)o4—0471—06 AnalysisofSSRInformationinESTResourceofTea Plants(Camelliasinensis) JINJi-qianf,LISu-fang:,GONGXiao-chun,LUMei-zhen,YA0Yah-ling,XINYa,CUIHai-rui (1.InstituteofNuclearandAgriculturalSciences,ZhejiangUniversity,Hangzhou310029,China;2.CollegeofLife Science,ChinaJiliangUniversity,Hangzhou310018,China) Abstract:1989ESTsofteaplantsweredownloadedfromthepublicdatabaseofNCBIandsomeofthemredundantor withlOWqualitywereremoved.finallyresultingin1589non.redundantESTswithtotallengthof734.54kb.Totally281 SSRsdistributedin246ESTswereminedout.accountingfor17.68%0fthenon.redundantESTs.Theaveragelengthof teaplantsEST.SSRssearchediS33.06bDandtheaveragedistanceofdistributioniS1/2.16kb.Thedinueleotiderepeat isthedominanttypewithrepeatmotifAG/CTbeingthemostcommon.,Iheresultinthispaperprovidesabaseforthe developmentandfutureapplicationofEST.SSRmarkersinteaplants. Keywords:Teaplants;EST—SSR;Frequency;Speciality 目前,已有多种分子标记应用于茶树遗传育 种研-4].其中利用最多的为随机扩增长度多态 性DNAfrandomamplifiedpolymorphieDNA, RAPD)~限制性片段长度多~(amplifiedfrag— mentlengthpolymorphie,AFLP)等.RAPD虽技术 简单,费用低,但RAPD是显性标记,可重复性不 高,多态性水平较低;而AFLP虽多是共显性标 记,多态性水平也高,但技术难度和费用都较大, 对DNA质量要求也较高.微卫星(microsatellite) 是指以少数几个核苷酸(一般为1-6个)为基本重 收稿日期:2005—06—24 基金项目:杭州市农业科学院资助项目(120504) 作者简介:金基强(1983一),男,河南信阳人,硕士研究生,主要从事植物分子标记研究.通讯作者. 472科技通报第22卷 复单位的多次串联重复DNA序列,亦称简单序 列重复(simplesequencerepeats,SSR).与其它分 子标记技术相比,SSR标记具有多态性高,多等 位性,共显性,容易用PCR检测,重复性高,数量 丰富和对基因组有很好的覆盖性等特点[51.根据 建立SSR标记的序列性质不同,SSR标记可分为 基因组SSR(genomicSSR,简称gSSR)和表达序 列标签SSR(expressedsequencetagsSSR.简称 EST.SSR).与构建小