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晶体衍射分析方法郝权张蔚哲（香港大学医学院）在自然界中，同样是化 晶体衍射分析方法 郝 权 张蔚哲 （香港大学医学院） 在自然界中，同样是化学元素碳，石墨漆黑而柔 软，金刚石却剔透而坚硬。同样是化学元素磷，白磷 剧毒而易燃，红磷却无毒而且更加稳定（图 1）。这 是由于他们微观上的原子排列方式不同而造成宏观上 化学和物理性质的差异。同为胰岛素，人胰岛素和牛、 猪的胰岛素其氨基酸组成有着明显的差异，但是却执 行相同的生物化学功能（图 2）。这是由于他们有共 同的结构特征。大量的科学事实表明，物质的宏观性 质是源于他们本身的微观结构。探索物质的结构与性 质之间的关系，是凝聚态物理、结构化学、材料科学、 图 2 胰岛素晶体和胰岛素六聚体结构（图片来自维基百科） 分子生物学等许多学科的一个重要研究内容。晶体是 原子、离子或者分子按照一定周期性在空间中有序排 列，形成的具有一定规则的几何外形的固体。晶体结 构分析是在原子尺度上测量晶态物质微观结构的主要 手段，它与上述众多学科有着密切的联系，是物理学 中的一个小分支。它主要利用了晶体中的物质是周期 性有序排列的这一特性，利用晶态物质对 X 射线、电 子以及中子的衍射效应来测定物质的微观结构。以 X 射线晶体学为例，X 射线可以和分子中的电子发生相 互作用产生散射，但是单分子对 X 射线的散射过于微 弱而且很难测量，而晶体中含有数量巨大的方位相同 的分子，这些分子的散射效应叠加起来就可以产生足 以被探测到的信号，因而晶体就是 X 射线信号的放大 器。从这些散射信号中可以分析得到电子密度的空间 分布图，从而得到原子的位置信息即结构信息。除了 常见的钻石、石英、食盐、金属和合金等晶体之外， 有机物和生物大分子也能形成晶体。对有机和生命物 质的研究可以算是晶体结构分析最辉煌的成就了。晶 体结构分析服务于许多不同的学科，同时许多学科的 发展反过来也会对晶体结构分析产生深刻的影响。另 一方面，晶体结构分析有自己独立的学科，它本身的 发展又对所服务的学科起着促进作用。 晶体结构分析的方法主要有两大类，一类是以 X 射线衍射为代表的衍射分析方法，另一类是以电 子显微 镜技术为代表的显微成像方法。电子显微成 像也可以认为是前后两个相继的电子衍射过程，因 图 1 自然界中的同素异形体以及他们的分子结构，从上到下 分别是石墨、金刚石、白磷、红磷（图片来自中文维基百科） 26 卷第 5 期 ( 总 155 期 ) 17 2014 国际晶体学年专题此，可以说衍射分析是晶体结构分析的核心。用衍射分析方法测定晶体结构的理论依据，在于晶体结构 2014 国际晶体学年专题 此，可以说衍射分析是晶体结构分析的核心。用衍射 分析方法测定晶体结构的理论依据，在于晶体结构 和它的衍射效应之间存在着互为傅里叶变换（Fourier Transformation）（式（1））的关系： 目，需要尝试的参数太多，再加上生物大分子晶体往 往难以达到原子级分辨率，尝试法在此时就无能为力 了。这样，寻找更有效的解决相位问题的方法便提上 了日程。早在 20 世纪中后期，英国的布拉格（W. L. Bragg）和考克（J. M. Cork）为解决相位问题分别提 出了所谓的重原子法和同晶置换法。原子的衍射强度 和它的原子序数的平方成正比，因此哪怕是混在成千 上万的轻原子（原子序数较小）中，单独一个重原子 （原子序数较大）对衍射强度的贡献也很容易被观察 到。重原子法的大意是：假定晶体中含有少数重原子， 而它们的位置是已知的，这时就可以通过 Patterson 法 或直接法计算出重原子对相位的贡献并将其当作全体 原子相位的一个初始估计。用这样的相位配以实验测 得的衍射振幅就可以近似的计算出一幅代表晶体结构 的电子密度空间分布图。同晶置换法的要点则是：如 果能够制备出待测晶体的重原子衍生物，而且衍生物 的晶体与母体晶体是同晶型，这时如果已知重原子的 位置，就可以根据母体和衍生物两者在衍射强度上的 差异来推算相应的衍射相位。对于蛋白质晶体来说， 除了蛋白质大分子在空间中周期性有序排列之外，大 分子间还存在孔洞和通道，通常在这些通道中填满了 水分子或者结晶母液中的其他溶剂分子。因此，如果 将蛋白质晶体浸泡在含有重原子离子或者含有重原子 的小分子的溶液中，重原子就有可能通过这些通道进 入蛋白质内部，并且在一定的位置置换溶剂分子，形 成该晶体的重原子衍生物。这种置换一般不会引起大 分子结构和整个晶体晶型的明显变化，形成较好的重 原子衍生物。重原子位置的计算方法见后文直接法章 节。理论上如果只获得一组重原子衍生物的数据，经 过计算其解并不是唯一的（相位模糊），因此通常会 结合多对不同的重原子衍生物的数据来计算，得到更 1 ∑ e－2πiH ?r r r = (