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新型图形硬件支持下的动态规划局部比对算法加速研究张林( 浙江中医药大学生命科学学院，浙江 杭州 3 新型图形硬件支持下的动态规划局部比对算法加速研究 张 林 ( 浙江中医药大学生命科学学院，浙江 杭州 310053) 摘 要: 为探索准确、高效、低成本、通用性并存的生物序列局部比对方法。将点阵图算法、启发式算法等各种序列局部比对 算法中准确性最高的动态规划局部比对算法在计算机中实现，并通过流式模型将其映射到图形硬件上以实现算法加速，再通 过实例比对搜索数据库完成比对时间和每秒百万次格点更新( MCUPS) 性能值评测。结果表明，该加速算法在保证比对准确 性的同时，能显著提升比对速度。与目前最快的启发式算法相比，比对平均加速为 14． 5 倍，最高加速可达 22． 9 倍。 关键词: 生物分子; 序列局部比对; 动态规划局部比对算法; 图形硬件 中图分类号: Q － 332，Ｒ318 文献标志码: A 文章编号: 1672 － 5565( 2014) － 03 － 179 － 06 Ｒesearch of dynamic programming local alignment algorithm acceleration based on a new type of graphics hardware ZHANG Lin ( College of Life Science，