4第四章蛋白质化学5－8.ppt

一、基本概念 蛋白质的高级结构又称空间结构、三维结构。指的是蛋白质分子中原子和基团在三维空间上的排列、分布及肽链的走向。实际上就是蛋白质的构象（构象和构型不同），分为二、三、四级结构。 二级结构是蛋白质多肽链本身在空间盘绕（旋转）或折叠的方式； （P97） 三级结构是在二级结构基础上进一步折叠或卷曲； （P103） 四级结构是含有亚基或亚单位的蛋白质亚基与亚基之间的结合方式。 （P105） 二、研究蛋白质构象的方法： 1.X-衍射法：推算出晶体分子的形状。 2.光谱学方法：研究溶液中蛋白质构象的方法 (1)紫外差光谱：推断蛋白质分子的大体构象。 (2)荧光和荧光偏振:测定疏水区形成的微区。 (3)圆二色性:测定?-螺旋,?-折叠片含量。 (4)核磁共振：蛋白质分子的三维构象。 (5)拉曼光谱:测定主链构象。 三、稳定蛋白质三维结构的作用力 1、氢键：维系蛋白质二级结构的主要作用力. 大多数蛋白质的折叠策略是：主链肽键之间形成最大数目的分子内氢键，而侧链与水相作用. 2、范德华力 ：分子间的相互作用力.它包括三种效应：定向效应、诱导效应、分散效应. 3、疏水相互作用：水介质中球形蛋白质的折叠倾向于把疏水残基埋藏在分子内部. 维系三、四级结构的主要作用力。 五、二级结构 （P97） 二级结构只是指蛋白质的肽链有规则的几何走向，限于主链原子的局部空间排列，不包括与肽链其他区段的相互关系几侧链构象。 多肽链折叠的规则方式： 1、?-螺旋 2、?-折叠 3、?-转角 4、 ?凸起、无规卷曲　　　 （一）?-螺旋（P99） 研究α-角蛋白时发现 1、结构特点： 每隔3.6个氨基酸残基，螺旋上升一圈。 螺旋沿螺旋体的中心轴每上升一圈相当于向上移动0.54nm,即每一个氨基酸残基沿轴上升0.15nm。 螺旋上升时每个残基沿轴旋转；螺旋体中氨基酸残基侧链伸向外侧，相邻的螺圈之间形成链内氢键，氢键的取向几乎和中心轴平行； 氢键是由每个氨基酸残基与其前面的第四个氨基酸残基形成的。 2、 ?-螺旋的手性 A.旋转方向 天然多为右手螺旋，少数为左手螺旋 B. ?-螺旋的旋光性 ?-碳原子的构型不对称性和?-螺旋构象不对称性的总效应。 利用这一点可以测定蛋白质和多肽螺旋的相对含量。 C.协同性：指一旦形成了螺旋一圈，随后逐个残基加入就会变得更加容易而快速 因为第一圈螺圈成为相继螺圈形成的模板。  3、影响?-螺旋形成的因素： A、侧链基团的电荷性质 例如：多聚丙氨酸侧链基团pH7不带电荷，可在水中自发卷曲成螺旋，多聚赖氨酸则不然，此时赖氨酸带正电荷使之不能卷曲。静电排斥不能形成氢键。在pH12时自发形成?-螺旋。多聚谷氨酸也有类似情况。 B、侧链基团的大小： R基大小对多肽链能否形成?-螺旋也有影响。 多聚异亮氨酸有大的侧链基团，造成空间位阻不能形成?-螺旋。 多聚脯氨酸具亚氨基，不能形成氢键。只要存在脯氨酸， ?-螺旋即被中断，并产生一个：“结节”。 （二）、?-折叠： （P100） 是指一种相当伸展的结构，研究β-角蛋白时发现。 结构特点： A、肽链几乎是完全伸展的，整个肽链成一种折叠的形式。 B、肽键的四个原子处于一个平面，α-碳原子处于折叠“角”上，R基处于处于棱角并垂直，两个AA轴心距为0.35nm。 （三） ?-转角 （P101） ?-转角又称?-弯曲、发夹结构 一种非重复性结构，4个连续的氨基酸残基组成。第一个残基的CO基与第四个残基的NH基形成氢键，主链骨架以180°返回折叠。 大致分为三种情况：Ⅰ的4个Ca不在同一个平面上；Ⅰ和Ⅱ的的关系在于中心肽单位旋转了180°，Ⅱ中的第三个氨基酸几乎都是Gly; Ⅲ是在第一个和第三个残基之间形成一小段螺旋。 （四）?凸起、无规卷曲： 1、 ?凸起（Ω环）： 一种小片段的非重复性结构。大多数经常作为反平行?折叠中的一种不规则情况。 由6个至16个残基组成的环，几乎总是位于蛋白表面，在生物识别工程中可能起重要作用。 2、无规卷曲（P102） 没有规律的多肽主链骨架的构象 无规卷曲与生物活性有关，对外界理化性质敏感。 说明：泛指不能被归入明确二级结构的多肽区段。 六、超二级结构和结构域 （一）超二级结构 （P102） 该概念是1973年由M.Rossmann提出。 定义：若干相邻的二级结构单元（螺旋、折叠、转角）按照一定规律有规则地组合在一起，彼此相互作用，形成、在空间结构上能彼此区别的的二级结构组合体。该组合体可作为三级结构的元件。 a.肌红蛋白亚基 b.刀豆球蛋白A c.丙糖磷酸异构酶 （二）、结构域 （P103） 蛋白质三维折叠的一个层次。 多肽链首先形成二级结构，相邻的二级结