基因芯片的操作流程和步骤.ppt

1 CELL =23 PAIRS OF CHROMOSOMES ; 23 PAIRS OF CHROMOSOMES =~ 3,200,000,000 BASES;1 HUMAN BODY =100,000,000,000,000 CELLS ;基因芯片结构示意图;生物芯片的制作步骤 ;基因芯片研制的总体蓝图 ;简介;基因芯片是信息时代的产物;中科院遗传所人类基因组中心 北京大学 联合基因集团有限公司 我国第一家批量生产基因 芯片 拥有近2千条基因药物发明专利 东南大学吴健雄实验室 中科院计算所生物信息学实验室 上海生科院;我国基因芯片的研究现状;生物芯片分类;6400点的基因芯片 （面积 12X14 mm);基因芯片（gene chip）的原理;基因芯片又称DNA微阵列（DNAmicroarray）;主要类型; 基因芯片 /DNA 微阵列Gene Chip /DNA Microarray;核酸杂交技术 是基因芯片应用的基础。;核酸体外杂交技术 ; 表达型基因芯片的设计;一、基因芯片（DNA微阵列）;1.基因芯片原理;2.基因芯片的基本原理分析;这5个亚序列依次错开一个碱基而重叠7个碱基。 亚序列中A、T、C、G 4个碱基自由组合而形成的所有可能的序列共有65536种。 假如只考虑完全互补的杂交，那么48个8 nt亚序列探针中，仅有上述5个能同靶DNA杂交。 可以用人工合成的已知序列的所有可能的n体寡核苷酸探针与一个未知的荧光标记DNA/RNA序列杂交，通过对杂交荧光信号检测，检出所有能与靶DNA杂交的寡核苷酸，从而推出靶DNA中的所有8 nt亚序列，最后由计算机对大量荧光信号的谱型（pattern）数据进行分析，重构靶DNA 的互补寡核苷酸序列。 ;原理 -- 通过杂交检测信息;基因芯片;;二、 基因芯片基本操作流程;基 因 芯 片 流 程;基因芯片的操作流程;基因芯片流程（一）;例 基于芯片的基因测序;基因芯片流程（二）;;基因芯片流程（三）;基因芯片流程（四）;微流控芯片检测仪;基因芯片的阅读分析系统;芯片扫描仪;芯片杂交盒;三、 基因芯片设计步骤;确定芯片所要检测的目标对象 查询生物分子数据库 取得相应的DNA序列数据 序列对比分析 找出特征序列，作为芯片设计的参照序列。 数据库搜索 得到关于序列突变的信息及其它信息。 ;在进行探针设计和布局时必须考虑以下几个方面： (1)互补性 (2)敏感性和特异性 (3)容错性 (4)可靠性 (5)可控性 (6)可读性 ; 基因芯片使用步骤;基因芯片的制作方式;原位合成法;1、原位光蚀刻合成 ; 目前美国Affymetrix公司已有同时检测6,500个已知人类基因的DNA芯片，并且正在制备含500,000-1,000,000个寡核苷酸探针的人类基因检测芯片。该公司每月投入基因芯片研究的经费约100万美元。该产品不仅可用于基因表达分析和基因诊断等，而且在大规模药物开发方面也具有诱人的前景。 目前，用于分子诊断的DNA芯片不仅已可用于检测爱滋病病毒基因还可用于囊性纤维化（CF）、乳腺癌、卵巢癌等疾病相关基因的基因诊断。 鉴于光刻设备技术复杂，只能有专业化公司生产，加之成本高及合成效率不高的问题，因此有待进行以下研究：⑴对光刻技术进行改进，提高合成效率；⑵开发新的原位合成技术，如喷印合成技术，该技术既能进行原位合成又能进行非原位合成。;2、光导原位合成法;3、原位喷印合成 ;4、点样法 ;玻璃片基的处理：使玻璃表面获得羟基、醛基、氨基等活性基团。 点样针沾取探针溶液。 点样针把探针点到玻片表面，让探针末端的化学集团与玻片表面的集团形成共价键。 针式点样的优缺点 优点：成本低，操作简单，密度高（几千-几十万点/cm2)， 转移过程中探针溶液损失小。 缺点：定量准确性、重现性不好;? 生产商 Bio-Rad? 性能介绍 分辨率：1.25um(x，y轴)和0.25um(Z轴) ， 重复性：3um 球面精确性：l0um。一次制成芯片数：126块芯片 每块玻片点样量82,000个点;喷墨点样的方式类似于喷墨打印机。将合成用探针溶液放入打印墨盒内，由电脑依据预定的程序在xyz方向自动控制打印喷头在芯片支持物上移动，并根据芯片不同位点探针序列需要将特定的探针试剂（不足纳升）喷印到特定位点。喷印上去的试剂即以固相合成原理与该处支持物发生偶联反应。;7.分子印章法;2.基因芯片样品制备 ;1．样品制备。;2 样本采集过程关键点． ;离体新鲜组织，切成多个1cm3小块，剔除结缔组织和脂肪组织。胃、肠组织应剪除外膜；肝、肾、脾应剪