用于质谱数据高质量特征提取的批处理软件.pdf

MassHunter Profinder： 用于质谱数据高质量特征提取的 批处理软件 技术概述 前言 代谢组学工作流程通常包括如下步骤： 使用高分辨精确质量 进行数据采 LC/MS (1) LC/MS 集； 从原始数据进行特征提取； 统计分析； 使用数据库和谱库匹配进行标注和鉴 (2) (3) (4) 定；(5) 应用越来越广的通路分析。 差异分析中，特征提取步骤至关重要，因为特征提取结果的质量会影响代谢组学工作流程中 随后的步骤。最终，它会影响原始数据转换为生物相关信息的有效性。 1 以前，我们使用两步特征提取 过程从复杂精确质量数据中发现化合物。化合物包含中性质 量、保留时间 (RT) 、丰度和m/z 等信息。第一步使用 MassHunter 定性分析 (Qual) 软件中 的分子特征提取 (MFE) 工具。接下来我们将结果输入 Mass Profiler Professional (MPP) 中 进行归类、对齐，并为每个化合物建立一个合成特征。第二步我们使用合成化合物特征列表 和 Qual 中的“Find by Ion (FbI)”算法来实现目标特征提取。与仅采用 MFE 进行数据挖掘相 比，该两步特征提取方法提高了分析质量，以及每个候选化合物的质量、保留时间和丰度值 的准确度。然而，该工作流程也存在一些局限性，如分析通量低，需要使用两个不同的软件 程序，以及缺少数据可视化和修正工具等。 MassHunter Profinder 是一款新型的软件工具，专门设计用于大量复杂的精确质量 LC/MS 数据的批处理。Profinder 还将许多软件功能整合到一个专用的数据处理工具中。因此，该软 件降低了原始数据的复杂性，改善了所提取化合物的质量。最重要的是，它使用全自动的批 数据处理，改善了用户体验并提高了分析通量。 本文介绍了 Profinder 的总体数据处理工作流程，包括详细评价递归算法、简化的 GUI 设计，以 及分组和批处理分析的益处，这些在以前是不可能实现的。我们利用在一个非目标 LC/Q-TOF 2 MS 方法 中获得的较大批量的酵母代谢组学数据，论证了 Profinder 的实用性。通过统计分 析的质量提升，表明使用 Profinder 可以获得改善的结果。 关键功能和益处 • 支持对 LC/TOF 和 LC/Q-TOF 精确质量数据进行非目标和目标数据挖掘 在单个工作流程中整合了 和 ，消除了在 与 间原有的多次结果输 • MFE FbI Qual MPP 入 输出 / • 使用批处理特征提取提高了数据处理通量 • 通过递归特征提取算法，减少了假阴性，从而使丢失特征在结果中有更多的体现 • 针对多样品文件提供的以化合物为中心的可视化功能，可使我们对化合物分组结果 进行快速分类和过滤，为了手工校正对异常值进行观察和鉴定 • 根据样品分组，可随意对萃取离子色谱图和质谱进行叠加和着色，增强有或没有平 行样的两个或更多样品组的观察和比较效果 2 批处理特征提取工作流程 我们有三个特征提取工作流程。 批处理递归特征提取是 MassHunter Profinder 中最基本的非目标特征提取工作流程。该工 作流程将批处理 MFE 和批处理 FbI 两步特征提取工作流程整合到一个单独的数据处理工具中， 消除了以往不必要的工作。用户可根据向导提示完成参数设置。数据输入和参数设置仅需数 分钟，现在该两步特征提取过程已实现自动化并包含在 Profinder 中。 图 展示了酵母代谢组学数据的 批处理递归特征提取结果，这些数据是在正离子模式 1 Profinder 的 上采集的。主界面包括四个相连的导航窗口。化合物组表（图 ） Agilent Q-TOF LC/MS