《DNA序列数值化映射方法的研究_开题报告》-毕业论文（设计）.docVIP

PAGE 1 PAGE 2 毕 业 设计 （ 2012 届） 题 目 DNA数值化映射方法 的研究 学 院 物理电气信息学院 专 业 电子信息工程工程 年 级 2008级 学生学号 12008243846 学生姓名 李崎 指导教师 马玉韬 2011年11月28日 毕业设计开题报告 论文题目 DNA序列数值化映射方法的研究 选题方向 电子信息工程 学生姓名 李崎 专业 电子信息工程 年级、班级 08级电子一班 一、选题的来源、目的、意义和基本内容 1．选题的来源 来自物电学院毕业设计选题指南。 2．题目的目的 探讨当前主要的DNA序列映射方法对基因预测准确率的影响，寻找有效的映射方法。 3．题目的意义 生物信息学中一个具有挑战性的研究任务是提高识别或预测DNA序列中的可变剪切位点，即蛋白质编码区(外显子)的边界的准确率。这方面的研究对揭示DNA序列的结构具有重要意义。在使用数字信号处理技术预测编码区时都需要采用一定的数值化映射方法将DNA序列转换成数值信号，在已有的研究中采用了10种方法。但至今为止编码区的预测准确率仍然不能达到像原核生物那样高的准确率，所以新的映射方法仍是研究的一个重要内容，为研究在较大DNA测试集上进行编码区预测时现有映射方法的优劣，以近似相关系数AC作为碱基层的预测准确率测度，使用Chebyshev窗FIR窄通带滤波器作为预测算法的核心，研究当前各种映射方法对预测准确率的影响。 4．题目的基本内容 （1）完成相关数据集的采集和处理。（2）研究以发现的几种DNA映射方法。 （3）寻找最有效的映射方法来研究讨论DNA数值化映射方法对基因预测结果的影响 二、国内外研究综述 有关研究表明，DNA序列数值化映射方法的优劣会直接影响到最终分析结果的生物学意义的解释。DNA序列由碱基adenine (A)，thymine (T)，cytosine (C)和guanine (G)组成，已有的研究中采用了十多种映射方法，其中Voss法、Z曲线法、正四面体(Tetrahedron)法、复数法和EIIP(Electron-ion interaction potential)法的研究和应用较多，其它还有实数法、FNO(Frequency of Nucleotide Occurrence)，SW法，嘌呤—嘧啶法（RY法），KM（Hybrid Method）法，基于复域的映射法和PN法，但至今为止编码区的预测准确率仍然不能达到像原核生物那样高的准确率，所以新的映射方法仍是研究的一个重要内容。至今为止研究者依旧在寻找新的映射方法来对真核生物的外显子进行预测，并提高预测的准确率。 参考文献 [1] Sitanshu S S, Ganapati P. “Identification of protein-coding regions in DNA sequences using a time-frequency filtering approach [J].” Genomics, Proteomics Bioinformatics, 2011, 9: 45-55. [2] B D Silverman and R Linsker. “A measure of DNA periodicity [J].” Journal of Theoretical Biology, 1986, 118: 295-300. [3] 胡广书. 数字信号处理：理论算法与实现(第二版)[M], 北京：清华大学出版社，2003: 296-312. [4] 马宝山，朱义胜. 一种用于基因预测的FIR数字滤波器[J]. 电子学报. 2007，35(9)：1710～1713. 四、指导教师意见 指导教师签名 年 月 日 五、学院毕业论文领导小组审核意见 领导小组组长签名 年 月 日 一 毕业设计的背景 1