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MEGA软件——系统发育树构建方法
1序列文本
构树之前先将每个样品的序列都分别保存为txt文本文件中,序列只包含序列字母(ATCG或氨基酸简写字母。文件名名称可以已经您的想法随意编辑。
2序列导入MEGA 5
首先打开MEGA 5软件,界面如下:
然后,导入需要构建系统进化树的序列:
点击OK
出现新的对话框,创建新的数据文件
导入成功 3序列比对分析
点击W,开始比对。比对完成后删除序列两端不能完全对其的碱基。
系统分析 然后,关闭该窗口,在弹出的对话框中选择保存文件,文件名随便去,比如保存为1。
4系统发育树构建
以NJ为例
Bootstrap选择1000,点Computer,开始计算
计算完毕后,生成系统发育树。
以下“系统发育树树的修饰”方法沿用斑竹brightfuture01的方法
5树的修饰
建好树之后,往往需要对树做一些美化。这个工作完全可以在word中完成,达到发表文章的要求。点击image,copy to clipboard。新建一个word文档,选择粘贴。
见下图:
在图上点击右键-编辑图片,就可以对文字的字体大小,倾斜等做出修饰。见下图:
成PDF,见下图:
将打印出来的 PDF 保存在桌面上，打开，如下图： 此时，点击 工具，高级编辑工具，裁剪工具，如下图所示：
选择需要的区域以删除周围的空白区，双击发育树，会出现下图： 点击确定，出现下图 (把空边切掉了：
点击文件，另存为，在保存类型一栏中选择 TIFF 格式，点击确定后会生成下面这 个图片，所生成图片绝对可以满足文章的发表： OK，结束了，自己玩一把吧。?
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